或许正是基于上述顾虑，实践中很多执法部门没有或很少适用监视居住。有些即便适用，也是无论犯罪嫌疑人、被告人有无固定住处，大多在“指定居所”执行，并且派人轮流看管，同吃同住，严密监视，从而导致事实上剥夺被监视居住人的人身自由，形成变相羁押。有学者对基层公安机关适用监视居住的情况进行调查后发现，实践中对监视居住的适用存在如下问题：(1)将被监视居住的“住处”换为派出所、看守所、行政拘留所或留置室等场所和特定的房间；(2)以办学习班、停职反省等为名关押于本单位不让其回家，由其单位保卫部门代为看管；(3)虽然让被监视居住人回家，但责令其“不得出家门”；(4)将本地有固定住处的人迁至宾馆、旅馆不得离开，且费用要由被监视居住人承担。[6]
2、立法对监视居住的期限规定不明确。刑诉法规定监视居住的最长期限为6个月。这6个月的期限，是整个刑事诉讼过程中适用取保候审的总期限，还是侦查、起诉、审判三个阶段单独适用的期限?根据目前公安部《规定》、高检院《规则》和最高法《解释》，三机关各自有权适用最长期限，这样监视居住最长期间可达18个月。三机关上述解释是否违背了刑诉法的初衷?此外，监视居住的期限还涉及，如果将6个月理解为三机关办案的期限总和，那么这6个月将如何在三机关之间分配的问题。
3、立法在监视居住与取保候审的适用范围上未作明确区分。从法条可以看出，监视居住与取保候审适用的对象、范围几乎完全相同，但在期限、执行方式、法律责任方面存在诸多不同之处。立法对这样两种轻重不同的强制措施在适用条件上未作任何区分，显然是不科学、不准确的。[7]尤其是在法制建设尚未完善、司法人员素质还有待提高的我国当下，由司法人员选择适用条件相同而严厉程度不同的两种强制措施就更显得极不合理。
4、立法缺乏对监视居住的监督制约机制和救济程序。
在司法实践中，适用监视居住完全由司法机关自行决定，一般都是在单方或秘密的情况下进行的，犯罪嫌疑人、被告人及聘请的律师不能当场提出意见从而也就不能对决定施加任何影响，这无疑给司法机关任意性裁决留下了隐蔽的空间。
此外，立法缺乏对监视居住的权利救济措施。“有权利必有救济”是一种基本的法治理念，各国诉讼法在对人身自由的限制上均有救济方面的详细规定，如律师参与等等，而我国的监视居住在这个问题上却出现立法空白。我国刑诉法只规定犯罪嫌疑人、被告人及其法定代理人、近亲属有向羁押决定机关申请取保候审的权利，但未规定申请监视居住的权利，更未规定犯罪嫌疑人、被告人受到违法限制时有效救济的途径，如向有关机关提出申诉等。
5、在司法实践中，监视居住的功能存在异化的危险。与取保候审一样，监视居住在实践中也具有消化案件、创收的功能，监视居住成为一些办案单位逼收犯罪嫌疑人罚款、费用的一种手段。比如，有的公安办案单位对一些不构成犯罪的卖淫嫖娼人员也采取监视居住措施，交钱即放人；在办理经济案件尤其是涉税案件中，采取监视居住有的是为了逼使当事人补交税款或退回违法所得，一旦目的达到，就撤案作行政处理，导致一些犯罪嫌疑人逃避了刑罚的打击。检察机关反贪部门办理的一些案件，如行贿、受贿案件，往往对犯罪嫌疑人采取监视居住措施后，只要其退回了违法所得或赃款，便解除监视居住，撤案了事。有学者对监视居住的现状进行调查后发现，某县公安局甚至将一些打牌赌博的违法人员也作为监视居住对象送进拘留所，以此逼其交罚款。某区公安分局监视居住的603名犯罪嫌疑人中，移送起诉或报捕的只有180人，仅占30%，大部分案件被内部消化转为行政处理。[8]可见，监视居住很大程度上承担着消化案件和创收的功能，监视居住实际上遭到了滥用。
