行政机关的独立意志与独立人格随着社会现实的变迁而在国家意志之掩盖下逐渐清晰突显。随着社会经济的发展，行政事务日趋复杂，法律不可能对日益复杂的行政事务作出规定，因此行政机关必须具有适应和处理新情况的灵活能力与独立应对能力。例如行政机关具有制定规范性文件的权力，这是其自身意志的表达，尽管其意志要受到更高层面国家意志的限制。又如，行政机关在适用法律的过程中，对复杂现实，可根据自身的经验、专门技术知识、政策目的考虑等因素选择较优方案，将主体意志体现在行政裁量之中。此外，《行政诉讼法》、《国家赔偿法》均是将行政机关视为独立承担责任的法律关系主体，行政机关是作为独立人格的权利义务主体而出现的。而行政法的基石--依法行政原则的要求和内涵亦发生了新的变化，不仅仅要求行政机关依法的明文规定行政，还要求依法的原理、原则、精神以及正当程序行政，这一方面是对行政机关实施行政职能的控制，另一方面也是对具有的独立意志与独立人格的行政机关作为主体的尊重。当然，不容置疑的是，即便在崇尚自治的私法领域，私主体的处分权亦并非是绝对的，而在我国政治体制之下，受制于国家意志的行政机关，所具有的处分权亦非是绝对的。
在行政诉讼中，行政机关究竟具有何种处分权？公法、私法领域对“处分”的界定是不能直接套用于行政诉讼调解，只能进行新的界定和理解。行政诉讼中的处分权同样包含对诉讼权利的处分与对实体权利的处分。无论诉讼标的有何不同，作为被告的行政机关与作为原告的行政相对人，均可处分各自的诉讼权利。行政机关在诉讼中能否处分其实体法上的权力，意味着被告能否就原告诉讼请求作出让步，即能否创设、变更、解除以及确认争议的行政法律关系中所作出的行政行为或者不作为。行政诉讼是围绕着诉讼标的而展开的，诉讼标的是某一特定的行政机关同行政相对人之间的特定的行政法律关系。因此，对于被告的行政机关是否具有处分权，应当考查具体个案所涉及的行政法律关系。
在处分权之外，基于行政诉讼的任务和功能，适用行政诉讼调解的范围还应考虑到当下我国行政诉讼乃是针对被诉行政行为的合法性审查，因此，对于合法的行政行为，不应适用调解。从行政行为的效力的角度而言，行政行为一经做出，就具有实质存续力，不能被任意改变，以维护行政机关的公信力与权威，维护行政法律关系的稳定性。此外，在特殊情况下诉讼标的即所争议的行政法律关系处于合法与否不确定的状态，无论是对于行政机关所认定的事实或是对法律适用都无从判定，此时解决争议的最有效、最经济的途径便是调解。由此看来，法院进行行政诉讼调解之时，已是对诉讼标的经过审查，对被诉行政行为的合法性状态有了明确的判断。
