首先，该种诉讼不同于基于行政主体的单方行政行为引发的行政诉讼。后者是《行政诉讼法》规定的典型诉讼案件类型，比如因行政机关作出的处罚、许可、强制、征收等等单方公权力行为引起的诉讼。在因单方公权力行为引发的行政诉讼中，相对人提起诉讼所争议的是一个具有公定力等法律效力的行政权力行为的合法性和有效性，提起诉讼的目的是请求法院作出撤销、确认违法等宣告性裁判或者责令被告行政机关履行法定职责。而在《征收与补偿条例》中所规定的被征收人因房屋征收部门不履行征收补偿协议提起的诉讼与上述诉讼存在差异。在该类诉讼中，行政机关不履行协议属于在行政管理过程中发生的政府违约行为，并不具有典型的单方决定因素。相对人提起诉讼的目的也并非要求撤销该违约行为或判令行政机关作出某种行政决定，而只是请求判令房屋征收部门履行合同约定义务这样一种事实行为。很明显，这种诉讼与单方公权力行为引发的传统诉讼案件存在很大差异。
其次，该种诉讼不同于一般的行政赔偿诉讼。根据《国家赔偿法》的规定，行政赔偿诉讼是因为公权力的行使行为致害引发的国家赔偿责任诉讼，虽然新修正的《国家赔偿法》取消了单独申请赔偿程序中的确认程序，但常规的行政赔偿诉讼与房屋征收补偿协议不履行引起的行政诉讼还是存在区别的：（1）案件涉及的实质内容不同。行政赔偿诉讼解决的是国家赔偿责任是否存在、如何承担的问题，房屋征收补偿协议不履行引起的诉讼则解决行政机关是否存在违约行为、是否要继续履行房屋征收补偿协议的问题。（2）争议解决的适用程序不同。根据《国家赔偿法》的规定，对单独提起的国家赔偿请求适用行政先行处理程序，受害人与侵权行政机关之间先行协商和处理赔偿问题，在此基础上才有后续的行政赔偿诉讼程序。[12]在房屋征收补偿协议不履行引起的行政诉讼中，被征收人却无需经由房屋征收部门先行处理，而有权依法直接向法院请求救济。
最后，该种诉讼不同于一般的行政补偿诉讼。这主要体现为两种诉讼所解决的实质问题不同。一般意义的行政补偿诉讼往往是因为行政主体事先作出补偿决定引起相对人不满而形成的案件，在《征收与补偿条例》中对此类案件也有涉及。该条例第26条规定：房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告……被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。根据该条规定，典型的行政补偿诉讼具有与前述第一种行政诉讼案件相同的特点，即政府事先已经就补偿数额、方式、范围等内容作出了一个单方行政决定，在被征收人对该决定不服的情况下才引发行政补偿诉讼。在诉讼中，人民法院要审查行政补偿决定是否合法，并根据情况作出维持、撤销并责令重做的判决。而在房屋征收部门不履行补偿协议的情况下，相对人所提起的诉讼则与之存在差异。在该补偿协议不履行争议发生过程中，并不存在政府作出的单方决定，被征收人向人民法院提出的诉讼请求也并非撤销补偿决定，而是请求判令房屋征收部门按照房屋征收补偿协议的约定，继续履行其遵行补偿协议的义务。
综上可以认为，在城市国有土地上的房屋征收领域，当房屋征收部门不履行房屋征收补偿协议引发相对人起诉的情况下，《征收与补偿条例》第25条设计了一种新型的案件类型：房屋征收补偿协议履行之诉（相对人提出）。如该类诉讼得到具体落实，将会对我国通行的行政诉讼观念带来一定冲击。[13]该类型诉讼案件的特殊性表现在：引发争议的原因并非是作为单方意思表示的行政处理决定，
