此外，还有一个问题不可忽视，即在建设用地使用权存续期间，如规划行政主管部门对控制性详细规划进行修改，住宅建设用地被调整为非住宅建设用地时，如何保护住宅建设用地使用权人的利益？而如果所有住宅建设用地使用权都自动续期，无疑又将给城市规划建设带来很大障碍。遗憾的是，《物权法》未对自动续期与城市规划之间的冲突作出必要的规定，其后制定的《城乡规划法》也没有涉及这个重要问题。
如前所述，由于续期无次数和最高时限的限制，自动续期制度实际上使住宅建设用地使用权获得了一种类似于土地所有权的法律地位。城市规划一旦将住宅建设用地修改为非住宅建设用地，不仅意味着住宅所有权人根据自动续期制度可享有的法律利益被剥夺殆尽，而且意味着住宅所有权人的房屋可能被国家无偿收取。《城乡规划法》虽然以协调城市空间布局、改善人居环境为宗旨，体现出强烈的公共利益色彩，但与公益征收制度中的公共利益不可同日而语。如果城市规划的修改不是将住宅建设用地转变为《国有土地上房屋征收与补偿条例》第8条列举规定的公益性建设用地，那么，根据《宪法》第13条第1款的规定，城市规划行政主管部门根本无权擅自将住宅建设用地修改为非住宅建设用地。显而易见，住宅建设用地使用权自动续期制度对如何科学、合理地编制控制性详细规划提出了更高的要求。如果确须修改控制性详细规划，那么城市规划行政主管部门除了须按规定履行严格的行政审批手续外，尚需征得规划地段内利害关系人的同意。为保护因规划修改可能遭受损害的居民权益，法律应当进一步规定，只有在城市规划行政主管部门与规划修改所涉利害关系人达成补偿协议后，才能修改规划；只有按补偿协议对规划修改所涉利害关系人作出实际补偿后，才能实施新的规划（类推适用征收制度）。基于此，《城乡规划法》第48条第1句应修改为：修改控制性详细规划的，组织编制机关应当对修改的必要性进行论证，经规划地段内利害关系人的同意，并经原审批机关批准后，方可编制修改方案。
三、自动续期的时间限制与住宅的数量控制
如前所言，相较申请续期制度，自动续期制度的主要优势是续期时无须支付出让金或仅支付少量土地使用费，而不是续期的自动性、无时限性。但是，由于设立自动续期制度的初衷是为保证房屋长久存在而寻找出路，因此在房屋不复存在时，住宅建设用地使用权是否应同时消灭自然成为自动续期制度必须一并回答的一个重要问题。该问题之实质是，住宅建设用地使用权的续期在时间上应否作出限制。如果自动续期在时间上不受任何限制，那么国有土地所有权可能永远受制于建设用地使用权。很明显，这一问题应从立法论的层面加以探讨。
我们还是先看一下权威学者们在此方面的看法。王利明教授认为：“该规则实际上暗含了自动续期的条件，即该土地性质上是住宅用地，且有住宅存在。”[20]崔建远教授认为：“建设用地使用权期间届满前地上建筑物、构筑物及其附属设施倒塌，且一直未复建，建设用地使用权期间届满时，不再自动续期。”[21]
住宅建设用地使用权的存续期限取决于地上建筑物持续存在的期限，为以上两位学者的共同看法。由于房屋之寿命可以加固、修改或改良等方式不断延续或者可以通过重建以旧换新而“永不灭失”，因此上述两位学者实质上是承认自动续期的无时限性———住宅建设用地使用权的永久性。笔者同意这一结论，但不赞同其论证方法。其理由为：自动续期制度并非仅仅为了排除无偿取得规则，因为申请续期制度同样可以排除这一规则。自动续期制度的实质在于使居民无偿或低代价地永久享有建设用地使用权，以安其所。建设用地使用权一旦随住宅所有权之移转而一并由居民享有，则从此获得独立的法律地位。所谓“地随房走”，只是指在房、地分离的不动产法律制度下，因房屋不可能在物理上与土地相脱离，所以地（权）应随房“一并处分”，而不是指建设用地使用权的命运完全与房屋相始终，因为这种做法等于彻底否定了房、地分离制度。建设用地使用权是一种独立的物权，地上物的灭失并非其终止事由。[22]房屋不同于土地，因物理损耗、风雨剥蚀等终究会毁损、灭失。因此，以一种长远的生活观念（生命的世代延续）来看，只有土地才能真正成为安身立命之所，只有赋予人们一种土地所有权或长久的土地使用权，才能真正“激发个人的财富进取心”，使有恒产者有恒心。[23]
地（权）随房灭失的观念，违背了土地与房屋之间天然的依存法则———房随地灭失，不能使居民真正安居乐业。因此，如果立基于长治久安的观念，就不能纯粹以存在物理上的住宅（房屋）作为保有建设用地使用权的条件，而应承认住宅建设用地使用权的独立性、永久性。在此之下，住宅即使一时灭失，家乡或家园仍在，土地（住宅建设用地使用权）仍在。
承认建设用地使用权的永久性，并不意味着国有土地所有权会永远受到限制。如果权利人放弃了权利，或权利人死亡时无人继承权利，那么土地所有权即回复其圆满状态。
