关于基于知识产权被侵害产生的确认知识产权、停止侵害、消除影响请求权是否受诉讼时效约束问题，主要有两种观点。多数观点认为不适用诉讼时效的规定，理由为：上述请求权为知识产权请求权。其系因知识产权被侵害而产生的确认知识产权、停止侵害、消除影响请求权系为恢复知识产权圆满状态而产生的手段性权利，若其适用诉讼时效的规定，则使知识产权这一支配权成为空洞权利。少数观点认为应适用诉讼时效的规定，理由为：基于督促权利人行使权利的目的，上述请求权应适用诉讼时效的规定。如果不适用诉讼时效的规定，则在司法中会出现举证困难等问题。
三、意思自治原则与处分原则的应用：当事人一方未提出诉讼时效抗辩，人民法院不应对诉讼时效问题进行释明及主动适用诉讼时效的规定进行裁判
当事人一方未提出诉讼时效抗辩，人民法院应否对诉讼时效问题进行释明及主动适用诉讼时效的规定进行裁判，是司法实务中需要解决的一个重要问题。
在司法实务中，关于当事人一方未在一审期间提出诉讼时效抗辩，人民法院应否对诉讼时效问题进行释明存在争议。经过深入论证，我们认为：诉讼时效抗辩权本质上是义务人的一项民事权利，义务人是否行使，属于其自由，司法不应过多干预，这是民法意思自治原则的根本要求。当事人一方根据实体法上的诉讼时效抗辩权在诉讼中提起的诉讼时效抗辩是实体权利的抗辩，是需由当事人主张的抗辩，当事人是否主张，属于其自由处分的范畴，司法也不应过多干涉，这是民事诉讼处分原则的应有之意。诉讼时效抗辩权是颠覆性权利，义务人在法院释明后行使该权利的，将会使裁判结果较之其不行使该权利的情形发生根本性变化，即导致权利人的权利不能得到法院保护。而即使义务人不行使诉讼时效抗辩权、在权利人有充分证据证明其享有权利的情形下，义务人依法依约履行合同义务是诚实信用原则的根本要求，并不会给义务人造成不公平的后果，反而有利于鼓励义务人诚实履约行为，有利于我国社会诚信体系的建立。在当事人无行使诉讼时效抗辩权的意思表示的情形下，如果人民法院主动对诉讼时效问题进行释明，则无异于提醒和帮助义务人逃债，有违诚实信用的基本原则，也有违法院居中裁判的中立地位。因此，本司法解释规定，当事人一方未提出诉讼时效抗辩，人民法院不应对诉讼时效问题进行释明。
在我国司法实务中曾存在着法官主动援用诉讼时效律的规定进行裁判的情况。我们认为，对于该问题的分析，应立足于对诉讼时效抗辩权的正确定性基础之上。正如前文所述，诉讼时效抗辩权是民法规定的义务人的一项实体权利。在民法领域，意思自治是其基本原则。法律认为，每个人皆是自已权益的最佳照料者和判断者，是理性人，在不损及国家、集体及第三人的合法利益的情形下，私主体拥有依其自主意思从事民事法律行为的权利。权利人行使权利与否，本为其自由，法律不应过多干预。尽管民法关于诉讼时效的规定具有法定性，但该法定性的体现主要为不允许当事人自由变更诉讼时效期间、义务人预先放弃讼时效利益，以防止诉讼时效制度成为具文，义务人的权利得不到保护，而并非否定诉讼时效利益的事后处分，即允许放弃诉讼时效抗辩权。在义务人未提出诉讼时效抗辩时，人民法院应尊重义务人的意思，不应主动适用诉讼时效的规定进行裁判，这也是民事诉讼法中处分原则的根本体现，与法院居中裁判的诉讼地位也相适应。而且，如前所述，诉讼时效制度的设定目的在于通过督促权利人行使权利、限制其滥用权利达到维护交易秩序稳定的社会公共利益，而非根本否定权利。在权利合法存在的情形下，义务人不主张诉讼时效抗辩、愿意履行诉讼时效期间已过的债务本为应提倡的实践诚实信用原则的行为，应认可其效力。正因为此，自罗马法以来，各国民法均规定，人民法院不应主动援引诉讼时效的规定进行裁判。通过对《民法通则》第一百三十五条和《最高人民法院关于贯彻执行<中华人民共和国民事诉讼法>若干问题的意见》（以下简称《民事诉讼法意见》第153条规定进行文义分析，我们同样可得出人民法院不应主动审查诉讼时效的结论。详言之，《民法通则》第一百三十五条关于“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外”的规定可以作出两种解释，一种解释是无论义务人是否提出诉讼时效抗辩，诉讼时效期间届满，人民法院均不保护权利人的权利；另一种解释是，诉讼时效期间届满，义务人提出诉讼时效抗辩，人民法院不保护权利人的权利。依第一种解释，人民法院应主动审查诉讼时效问题；依第二种解释，人民法院不应主动审查诉讼时效问题。近年来，随着理论研究的深入，倾向观点认为，人民法院不应主动援引诉讼时效的规定进行裁判的理由。通过对《民事诉讼法意见》第153条关于“在受理后，人民法院查明诉讼期间已过，应判决驳回原告的诉讼请求”规定的分析，我们同样可以做出“人民法院可以主动审查诉讼时效问题”和“只有经义务人主张，人民法院才应当审查诉讼时效问题”两种理解，而根据前述理由，当然应做后一种理解。
四、程序正义与实体正义的衡平：诉讼时效抗辩权的行使阶段
当事人能否在任何审理阶段均可提出诉讼时效抗辩，是司法实务中存在的突出问题，亟需明确。
我们认为，诉讼程序机制的建构实质蕴涵着通过构筑正当程序以保证私权争议获得公正裁判的诉讼理念，诉讼制度的立法目的在于通过设计科学的诉讼制度达到程序公正和实体公正的统一，协调司法公正与司法效率之间的关系。因此，各国民事诉讼法中均对请求权和抗辩权的行使阶段进行了合理限制。诉讼时效抗辩权的行使也不例外。可以设想，如果任由义务人在任何审理阶段均可行使诉讼时效抗辩权，则将出现法院无法在一审审理阶段固定诉争焦点，无法有效发挥一审事实审的功能，使审级制度的功能性设计流于形式，产生损害司法程序的安定性、司法裁决的权威性、社会秩序的稳定性等问题。因此，司法解释第四条分两款对该问题进行了规定。
（一）当事人一方在一审期间未提出诉讼时效抗辩，在二审期间提出的，人民法院应否支持。
