1.缺乏专门的案件质量管理机构。一些检察院基本上没有专门的案件质量管理部门，人员配备较弱，监控职能分散，不统一。首先，机构不健全，没有设立相对独立的职能部门。有些基层院象征性的成立了一些所谓的案件监督管理部门，但设置比较混乱，不科学。如有的是在检察院的纪检监察部门附设案件监督机构，通过对干警违法违纪情况的查处来监督案件办理情况，即通过管“人”来管“案”。有的将案件监督机构设置在检察委员会，由检察委员会来负责案件监督管理。即使有的设置了检务督察室(科)、案件质量管理中心等部门，但实际上都是依附在其他部门，一班人马，两个牌子，实际上并没有真正发挥案件监督管理的职能作用。
2.缺乏统一的案件质量标准。地区间“各自为政”，案件考评标准多、可操作性差，且上下级检察院之间的标准不统一。实践中，各基层院对案件进行监督管理主要有两种方式，一种方式是通过各办案部门的内部管理来实行。即通过对案件的讨论、汇报、签发、审批来实现对案件承办质量的管理。也就是部门负责人行使管理权，对本部门案件监督管理进行“自治”。另一种方式是上述所提到的所谓的专门部门进行的案件监督的模式，即“查处式”的方式。无论是“查处式”还是“自治式”的内部监督管理模式，在保证公正行使检察权方面是有着重要作用，但是这两种模式都具有局限性。特别是“查处式”虽是专门部门进行，力度较大，但具有一定的被动性，是一种事后监督管理。有的检察机关虽然对案件监督管理已列入议事日程，设有领导和工作人员。但由于领导工作繁忙，工作人员兼职较多，无法保证正常开展工作。即使每年搞几次检查，也大多是哪方面出现问题，就集中抓一下，总结教训。往往是头痛治头，脚痛医脚，呈现短期性，缺乏延续性。
3.缺乏案件质量考核长效机制。有的院案件质量管理工作形同虚设，执行中无法取得预期效果。近年来，不少省、市级检察机关对下级检察机关进行案件质量检查和执行办案流程情况进行考评，并将考评结果作为评先的重要依据。虽然此举对案件质量能起到促进作用，但行政色彩浓重，通常导致案件考评流于形式。如抽评的案件数量少，有的部门只有办案数百分之一，不能反映整体情况；抽评案件类型不确定，缺少代表性；有的考评偏重于具体数字，对现代化办公设备的副作用考虑不周；同时，评查人员业务素养、实践经验、责任心和原则性的差异，都使得考评活动不具有说服力和指导性。所以这种考评并没有与业务管理真正有效衔接。检察机关内设办案部门有反贪、公诉、侦监、监所、控申、民行等部门，各部门职能不同，处于各自独立状态。案件从受理到结案，基本在部门内部和承办人的掌握中，处于封闭状态，缺乏对案件全程监控和有效管理机制。因此，针对目前检察机关案件内部监督管理现状，必须尽快建立以案件为中心的监督管理机制。
