（六）立法权威与指导性案例实践效力的冲突
在理论上，我们已广泛认可司法权是判断权，但在实际的制度安排上“一府两院”都只是人大的执行机关，司法的功能定位是执行。执行职能注重效率而非公正，注重统一控制而非分权制衡，因而，我国司法机关的组织设计上采用了行政机关惯用的行政化（官僚制、科层制）体制，以组织的层级化及决策的层级审查等作为司法机关的管理模式。这对司法运行产生了深刻的影响：其一，组织的层级化意味着权力的不平行分配，“官员们被组织到不同的梯队之中：权力来自于最上方，沿着权力的等级序列缓缓向下流动。不同级别官员之间的不平等是非常显著的”，处于下级的官员有义务服从上级的指示。其二，为维护组织的层级化，下级的“决策必须接受上级的常规、全面的审查：不受审查的权力在下层官员中的广泛分布会损害关于整个权力结构的启发性预设”。[16]（P28－35）这种审查督促下级机关按照上级机关的意志行事。由于立法机关不可能常规性地对司法人员的个案决策进行审查，这种审查是在司法机关内部进行的，当最高司法机关的指示与立法不一致时，指示将取得超越立法的效力。指导性案例虽无法源地位，但借助于司法一体化其实践效力仍可能超越立法。随着指导性案例数量的累积，其对立法权威的侵蚀将不可小觑。这也正是部分理论研究者和立法人士长期以来对借鉴国外判例制度持警惕之心的原因之一。
（七）司法行政化的弱化与强化之困
“司法权在本质上是一种判断权，法官的权威来源于公正的裁判。”[17]司法的判断权属性要求对司法的管理应采取与其属性相符合而区别于行政机关的管理机制。弱化行政性、建立符合司法权属性的司法管理体制是最高司法机关推进体制改革的方向之一。在案例指导制度建构的前期论证中，期待案例指导制度替代请示、汇报等行政化作法，促进上下级司法机关的关系回到司法层次，被认为是制度建立的重要理由之一。[6]但从案例指导制度目前的相关规定看，若没有其它配套措施跟进，这一制度可能加重而非弱化司法的行政化。
期待案例指导制度弱化行政化的基础是：指导性案例为司法人员提供了更细化的标准，释除下级司法人员的疑问，不必向上级请示、汇报；同时，细化的规定也约束上级司法人员干预的冲动，为下级司法人员提供了挡箭牌。这在逻辑上是自洽的，但在司法科层制下又是不成立的。第一，指导性案例仍为请示、汇报留下了空间。指导性案例虽然细化了相关规则，但仍存在再解释的问题，指导性案例不可能为司法人员提供三段论推理的完美前提。“两个案件的事实情境十分相似的情况是非常罕见的；同一性是捉摸不定的，人们很容易为相异的处理方式找到正当化依据。”[16]（P39）这种解释空间既为处理案件的司法人员留下了裁量空间，也为上级司法人员推翻下级的决定提供了可能。第二，司法科层制固化了请求、汇报的需求，案例指导制度目前尚无力改变这一局面。案例指导制度为下级司法人员独立办案扩展了空间，但下级司法人员可能拒绝授权，沿既有的路径请示、汇报。这种反授权现象是科层制下的普遍现象。“科层制下的上层在位者往往发现下级官员会把决策任务向上级传送，即使上层官员向其下属大量授权，除非进行强烈的抵制，仍然存在与授权相反方向的压力。”[18]（P71）这种现象发生的关键因素是司法科层制下的晋升激励。科层制下，信息、权威、收入和声望的分配都以有利于上层官员的方式分配，这在下级官员中激发强烈的晋升愿望。由于科层制机构缺乏市场机制，不能直接根据成员对产出的最终价值的贡献对其作出评价，因而，一个官员只能通过以下一个或两个行动路线赢得晋升：取悦上司；在那些用于评价其晋升资格的客观标准上获得好分数。即使是所谓的客观标准，也往往只能显示一个特定的职能是否被充分执行，但难以测出这种执行的真正价值。如结案率能显示办案效率，但无法揭示司法公正是否真正实现。因而，科层制机构的人事评估决策很大程度上依赖于主观判断，而一个官员的直接上级无疑有最重要的话语权。这决定了几乎所有的科层制机构人事评估系统都相当重视官员直接上级的意见。[18]（P86）请示、汇报一方面有利于避免可能发生的错误，并将责任转移，另一方面则使上级官员得到被尊重的愉悦，为晋升奠定基础。案例指导制度没有触动司法科层制，请示、汇报现象不会因其而改变。第三，案例指导制度可能强化司法行政化。指导性案例有细化规则、收缩下级司法人员自由裁量权的功能，这可能使部分原可通过自由裁量处理的案件加入请示、汇报之列，进一步加剧司法的行政化。
弱化司法行政化符合司法的基本规律，案例指导制度如果不能促进、反而妨碍这一价值实现，其改革的正当性就大为削弱。
（八）与司法解释混同之虞
以案例形式进行司法解释是我国司法已有的作法，发展案例指导制度不可回避的问题是：其与司法解释有何区别？代表性观点认为，案例指导与司法解释具有互补性：指导性案例以要旨为指导形式，仅有参照效力，弹性较大，可弥补司法解释刚性过强，柔性不足的问题。[19]（P454－456）从目前情况看，上述预设是很难实现的。由于指导性案例适用方法的要旨化和要旨趋向条文化，指导性案例更多地是以规范形式进行指导，与司法解释的界限趋于模糊，二者刚与柔的区分相当细微。同时，指导性案例具有对司法解释的细化功能，其本以约束司法裁量权为目的，会对司法形成更强的约束。依照《规定》，指导性案例的效力低于司法解释，但地方司法高层似乎普遍有提升案例指导效力的要求。如某高院负责人认为，如果案例指导可以“比照”而不是“参照”执行，意义就更大些。[20]某高院领导更主张，全国人大应尽快通过相关立法赋予指导性案例法律强制力。[21]这种提升指导性案例效力的渴求和指导性案例监督措施的行政化，可能使指导性案例的实际效力与司法解释趋于一致。由此观之，指导性案例的功能将与司法解释相差无几，可能仅有的区别就在于其附带有案情，有利于司法人员更准确把握规则的运用，如此一来，独立发展案例指导制度的意义大受影响。
