两高《规定》对指导性案例的运用方法没有明确，实务界对如何适用指导性案例主要有两种意见：一种意见认为指导性案例应重点提炼要旨，后案司法人员主要参照要旨处理案件；另一种意见虽不否定提炼要旨，但主张指导性案例的价值应该从整体上来把握，参照也应是整体的参照。[8]这两种主张分别接近大陆法系和英美法系的作法。笔者认为，后一种意见虽有利于全面发掘指导性案例的价值，但目前不具可行性：第一，与当前司法群体的需求不符。以法官为例，其对指导性案例的需求主要基于两种动机：（1）提高裁判效率，减轻办案压力。参照指导性案例有利于格式化快速处理案件，避免独立思考耗费的时间与精力，以应对案件数量的压力。（2）提高裁判的认可度，降低职业风险。参照指导性案例可避免被发回重审或改判，有利于为当事人提供一种预期，减少上诉率，也有利于减少上诉、闹访等给法官带来的巨大压力。[12]（P46）后一种意见要求法官自行归纳规则，这显然不适应提高效率，减轻办案压力的要求；同时，不同的人员看到的指导要素可能是不一样的，这也不适应提高裁判认可度，降低职业风险的要求。这将影响司法人员适用指导性案例的积极性。没有司法群体的自觉参与，案例指导制度很难成功。第二，与成文法下的推理习惯存在冲突。对指导性案例的整体性参照要求司法人员善于运用归纳推理从指导性案例中提炼规则，并运用这种规则对当下案件推导出试验性的解决办法；然后再针对相似案件的背景检验他的解决办法是否合适，最终作出决定。这种繁杂的推理技术在我国司法中并无传统，也非短时间能为司法人员熟练掌握。第三，后一种意见将指导要素的提炼权交由各个法官，不符合案例指导限制裁量权、统一司法的目的。第四，不适应绩效管理的要求。绩效管理的基础在于标准的明确统一，甚至是数字化管理，一如当前起诉率、撤诉率等所体现的。后一种意见难以实现指导要素的标准化，从而妨碍绩效管理的有效性。绩效管理是当前司法机关力推的管理方式改革的核心，与其抵触的改革将难以成功。
因而，从指导性案例中提炼要旨并由后案司法人员将其规则性地适用于当下案件，这几乎是我国指导性案例适用方法的宿命性选择，过去的实践也是这样做的，（注：如四川高院从孙伟铭案中抽取了裁判摘要：任由危害结果的发生，造成重大伤亡或者使公私财产遭受重大损失的，主观上具有危害公共安全的间接故意，应当依照刑法第一百一十五条“以危险方法危害公共安全罪”定罪处罚。参见《为统一裁判尺度孙伟铭案入选四川省高院案例指导》，http：//www.xinhuanet.com/chinanews/2009－09/22/content_17768426.htm，2011－07－16。）现在仍被延续。从大陆法系的经验看，要旨的功能将类似于立法，成文法所具有的局限指导性案例也难完全避免。“追溯案件事实并发现要旨的真正效力范围，实际上是不可能的。在现实中，这些判决要旨中所包含的原则只能作为可供操作的假设对待，人们必须根据后来的案件和变化着的生活需要加以检验，因为有时不得不对它们加以限制、扩大或改进。”[11]（P385）当然，作为对立法的进一步细化，指导性案例的要旨势必更为具体，指导性案例对案情、争议问题和处理理由的陈述也有利于明确要旨的含义，相对于成文法，司法人员自由裁量的范围势必有所收缩，其对司法统一是有助益的，但欲达到制度预设的高度统一则面临巨大困难。
统一司法与适用要旨的冲突是案例指导制度理想与现实的冲突，是拉升现实以实现理想还是降低理想以迁就现实，或者如何妥协，《规定》没有给出明确回答。
（二）统一司法与司法创新的冲突
我国处于社会转型期，社会管理制度与社会发展变迁之间存在着一定的紧张关系，社会管理创新近年来受到高度重视。作为管理社会的重要手段，法律也需不断发展完善，而法律发展的重要基点是个案。在处理个案中，司法人员对法律规定可能导致的个案非正义感受最直接，对法律新的理解或修改建议经常在案件处理中被首先提出，一定程度上容忍下级司法人员多样性的处理方法有利于发现制度新的生长点。这也是司法实践中一直被鼓励的，在当前强调社会创新的氛围中进一步被强调。而统一司法强调对指导性案例的遵循，要求压制司法人员的创新冲动。如何协调案例指导制度“向后看”与社会管理创新“向前看”的关系，现有规定没有明确回应。事实上，最高人民检察院《规定》也隐含着统一司法与鼓励创新的内在矛盾，《规定》以统一司法为目标，同时最高人民检察院对指导性案例的要求条件之一是“社会效果较好”，而要达到异于平常的效果往往需要创新，甚至突破现行制度。实践中被最高司法机关媒体作为正面典型宣传的事迹不乏执法者打擦边球甚至直接突破相关法律规定的情形。社会管理创新的大背景成就了案例指导制度，没有这一理念，案例指导何时能由试点转为正式制度尚未可知，但一旦转化为正式制度，案例指导的守旧倾向就与创新要求产生了冲突。
（三）统一司法与司法多样性的冲突
