此外，自然权利论也无法解释知识产权的地域性、时间性、权利穷竭、权利保护期限、权利限制以及知识产权权利人的“圈地行为”。
二、人格论（非物质财产论）
该学说认为知识产权作为精神产品，是一种非物质性的无形财产。一个发明人创造出的发明或完成的作品，就好像将自己生命的一部分投入了这项产品，知识产品上凝结了创造者的个人意志。非物质财产理论更强调劳动成果的思想性质和权利人的本质特征，从而区别了智力成果的创作人权利和成果所有人的权利，即将知识产权的财产权利和人身权利清楚地划分。财产权可以转移而人身权则与人不可分割，永远属于他本人所有、不能转移。
人格论更强调智力成果创作人的精神权利，这必然导致在知识产权保护上追求维护绝对“权利”，如“秋菊”一样，为了讨一个说法，不惜付出巨大代价。实际上，这不符合知识产权保护的现实情况，商人（经济人）通常持有知识产权，他们更注重财产（property）和利益（profit）的保护而不是权利（rights）的保护。在这一点上，美国富兰克林·皮尔兹法律中心（Franklin Pierce Law Center）的Hennessy教授曾经在北京大学的课堂上讲到：大陆法系和英美法系的版权保护差异有观念上的不同，大陆法系国家的版权法强调对精神权利的保护，英美法系国家的版权法强调经济权利的保护，形象地说，对于大陆法系国家的作者来说，拥有一部作品首先意味着他拥有一个“权利”，而英美法系的作者认为他拥有一笔“财产”，这种差异的直接表示是：copyright=right还是copyright=money。能够看出，在市场高度发达的美国，版权基本上属于规模巨大的文化公司拥有，文化产业的发展更倾向于将版权控制在投资人手中。
所以，该理论无法解释通过投资人的委托合同约定知识产权的权利归属的合理性。特别是在知识产权产业化、市场应用活动中，更多权利人关注的是财产权而非人身权，这已经成为一种趋势。事实上，知识产权制度催生的是拥有大量知识产权的投资者——“跨国公司”而非以人格为特征的知识的创造者——发明人和作者。
三、契约论
契约理论认为，知识产权是权利人与社会公众之间所签订的一种社会契约。社会通过国家赋予作者独占权，以获得精神与物质利益；与之相应，社会公众则能通过有偿使用知识产权的成果而获得其中利益，也能通过合理使用原则无偿使用公共领域的部分成果。一般认为，知识产权经过了法律所规定保护期进入公共领域，就成为人类的共同财富，任何人都可以自由使用。这些原则都需要在法律上加以确定，这是权利人和国家之间的一种约定。对发明人来讲，公开技术获得专利垄断权，可以补偿发明创造活动中支出的劳动和费用，还可以获得更大利益回报。对社会而言，它增加了新的科技知识，而新增的知识将为科技进步准备良好条件。专利权届满后，发明便成为社会的公共财富，公众可自由使用。契约论鼓励一切有创造天赋的人去进行困难而充满风险的技术创新，鼓励创新成果的公开。契约理论在现代各国专利法和版权法中都有体现。
