第二，加强备案审查和法规清理工作。[11]这也是解决行政法源冲突的重要方式。一方面，对于法律规范有违反上位法规定、侵犯其他部门立法权限以及损害当事人合法权益等情形的备案审查机关应该指出问题后退回制定机关进行修改。可是在实践中，法律规范自公布至生效的时间一般不长，而备案审查机关的工作量非常大，很难在较短时间内完成备案审查工作。因此，需要进一步完善备案审查制度，以解决上述问题。另一方面，有权机关应该在法律规范实施一定时间或特定时间出现后对其进行清理。目前，我国的法规、规章以及其他规范性文件的清理工作已逐渐形成长效机制，取得了较好的效果，在一定程序上减少了行政执法的法源冲突。
第三，及时修改法律规范。社会主义法律体系的建成，意味着我国法律的大致框架已经形成，今后国家权力的工作重点应该放到修改法律、完善法律、强化法律实施和法律监督上来。行政法法源冲突的一个重要原因，就是上位法修改了，下位法没有及时跟上，从而导致下位法违法。我国的改革开放逐步深入，社会关系变动迅速，很多法律、法规已不符合社会现实，让行政机关无所适从，严重影响了行政执法的效果。
（二）通过行政诉讼解决法源冲突
《立法法》解决法源冲突的有关规定不能发挥作用，很大程度上是因为立法者想通过立法主体的自身力量来解决此问题。但由于立法机关的立法任务繁重，根本无力通过备案、复议等方式来解决所有法源冲突问题。加之各部门相互制约，缺乏启动冲突解决机制的动力，因此《立法法》的有关制度设计没有发挥应有的功能。借鉴国外经验，在我国现有的宪政体制内，通过改造《行政诉讼法》，赋予法院裁决层级较低法律规范的冲突的权力，可能会比《立法法》规定的效果要好得多。
《行政诉讼法》尽管赋予法院对规章一定的审查权，但是法院仅有权适用或不适用，无权对规章作出合法与否的评价。这样规定的弊端在于，一方面使规章的效力没有得到确认，另一方面导致行政执法的法源冲突依旧存在。应改造现有的行政诉讼制度，为解决规章和其他规范性文件的冲突提供了一个便捷的途径，具体的制度设计如下。
一方面，人民法院在审理行政案件时，法律、行政法规和地方性法规是法定的依据，各级法院均无权宣布其违法。实践中有的中级人民法院宣布省级地方性法规的违法性，这是我国现有宪政制度不允许的。[12]因为法律、地方性法规的制定主体是各级人民代表大会及其常委会，而法院恰恰由人大产生、受其监督、对其负责，再由其审查法律和地方性法规的效力，体制上很难理顺；行政法规由国务院制定，国务院在我国国家机构中的地位决定了其颁布的行政法规交由法院审查也不太妥当。发现法律、行政法规和地方性法规违法，只能由最高人民法院提交全国人大常委会处理。
另一方面，法院审理行政案件时，可以把规章和其他规范性文件作为行政法的法源而直接引用。但是对于违反上位法的规章和其他规范性文件，法院可以直接宣布其无效。为了表示慎重和具有可操作性，法院只能对下级政府制定的规章以及其他规范性文件进行审查，而无权审查同级政府和上级制定的规章和其他规范性文件。对于本级政府工作部门制定的规范性文件，法院也有权进行审查并宣布其无效。
