尽管《立法法》对立法权限的划分作了较大努力，厘清了全国人大及其常委会的国家立法权限，规定了行政法规和地方性法规的大致范围，并初步建立了有关法律文件冲突时的解决机制。但是在一些长期没有解决的难题上，《立法法》依旧束手无策：（1）对于中央和地方的关系问题没有得到彻底解决。作为单一制国家，我国长期没有处理好中央和地方的关系，即国家统一性与地方自主性之间协调困难，很容易陷入“一收就紧，一放就松”的怪圈。具体到立法权的划分上，除了法律保留的事项外，对于其他事项的立法权，《立法法》只要求地方性法规不与法律、行政法规相抵触，没有进一步的明确规定。（2）基本法律与基本法律以外的法律界限不明。对于基本法律和基本法律以外的法律，《宪法》、《立法法》作了规定但是在立法实践中，常常出现全国人大常委会制定基本法律的现象。比如，《侵权责任法》作为一项基本法律，是由全国人大常委会制定的。（3）部门规章与地方性法规的冲突没有得到很好解决。尽管法律规定二者冲突时由国务院裁决，如果适用地方性法规，就由国务院决定；如果国务院认为应当适用部门规章，则报全国人大常委会裁决。但是对于二者的效力高低问题，法律并没有预先作出明确规定。（4）规章之间的冲突。规章制定主体的职权和层级的不同，因此规章的调整范围和效力常常发生冲突。由于涉及部门利益，各行政机关之间往往互不相让，很大程度上加剧了这种冲突。（5）其他规范性文件间的冲突更为常见。
四、行政执法法源冲突的解决途径
对于如何解决行政执法的法源冲突，我国目前已有三种尝试，但效果均一般：一是《行政诉讼法》规定法院在审理行政案件时，以法律和行政法规、地方性法规为依据，参照规章；二是《行政复议法》规定，行政相对人可以在申请行政复议时对行政执法的依据一并提出审查请求；三是《立法法》对法源冲突也作了一些原则性规定，基本上遵循了上位法优于下位法、后法优于前法、特别法优于一般法的基本原则。但实际上，上述三种途径并没有从根本上扭转我国行政法法源冲突的局面。解决我国行政法法源的冲突，需要长时间内多方入手，逐步进行。
（一）完善社会主义法律体系
尽管我国已建成社会主义法律体系，但是法律体系不是静止不变的，需要在运作过程中逐步改进和完善，这也是从根本上预防、改善行政法法源冲突的方法。社会主义法律体系形成后，我国立法应该在继续完善、加强立法的基础上，重视对法律、法规和其他规范性文件的修改，逐步消除行政执法乱象的法源冲突。
第一，进一步强化立法。尽管我国的大部分基本法律均已齐备，但社会管理领域中的部分重要法律仍然没有制定。实践中要么依据规章等低层次的法律规范来管理，要么由党的部门发布文件来管理，如户籍制度、新闻制度、政党制度和社团制度等。这些问题的政治性很强，需要立法机关在充分考虑政治改革进程和国内外政治形势等因素的基础上，尽快制定法律，从而改变目前行政管理于法无据或有关规定不具备法律形式的局面。
