（二）同一层级法律文件间的冲突
行政法法源的横向冲突主要是指同一层级法律规范的矛盾，最常见的主要有法律之间的冲突、行政法规之间的冲突、规章之间的冲突和规范性文件之间的冲突四类。至于同一层级的地方性法规之间、地方政府规章之间、自治条例之间以及单行条例之间，由于其效力仅及于所管辖的区域，即使对同一问题的规定不同也谈不上冲突。
法律之间的冲突。根据《宪法》和《立法法》的规定，法律又可以分为基本法律和基本法律以外法律，前者由全国人大制定，后者由全国人大常委会制定。在全国人大闭会期间，全国人大常委会可以对全国人大制定的法律进行部分修改和补充，但不得与该法的基本原则相抵触。但实际上，基本法律之间、基本法律以外法律与基本法律之间都有冲突。基本法律之间冲突如《刑事诉讼法》、《律师法》关于律师诉讼地位规定的冲突。基本法律以外法律与基本法律之间的冲突如《民法通则》和《国家赔偿法》关于国家机关及其工作人员在执行职务中，侵犯公民、法人的合法权益造成损害应承担的责任的不同规定：前者规定应当承担民事责任，而后者规定应由国家承担赔偿责任。对此问题并不能简单适用“基本法律高于一般法律”、“特别法优于普通法”和“后法优于法”等处理原则。《民法通则》的规定是我国尚未全面建立行政诉讼和国家赔偿制度时的权宜之计。实践中，行政相对人的合法权益受到侵害后，只能通过国家赔偿的途径或行政诉讼的途径寻求解决，而不能依照《民法通则》的规定，要求行政机关给予民事赔偿。《民法通则》的上述规定已经没有必要，应及时予以修改。
行政法规之间的冲突。这主要是在对同一事项作出规定时，由于权限划分的关系，导致按管理事项的规定与按权限的规定之间产生矛盾。如《企业法人登记管理条例》第二条规定企业具备条件的必须进行法人登记；但《医疗机构管理条例》第十七条却规定医疗机构进行登记的机关是批准其设置的政府卫生行政部门。
规章之间的冲突。这主要指国务院各部门制定的规章之间的冲突。在改革开放初期，这类冲突比较多，随着法治的逐步完善已日益减少。比如，《建筑法》规定有关工程领域的事务由建设行政部门管理。但是国务院众多部门制定的规章均设定了有关建筑某一方面的资质，目前仍有十多个部委的二十多个规章在规范建筑市场。[10]这些规章之间的冲突是不可避免的。
