对这五个方面的焦点问题，从审查其合法性的维度来看，我们可以回应如下：
（1）在采矿许可证期限届满向原发证之行政机关申请换证时，是否能同时申请行政许可事项变更，《行政许可法》等法律没有明文规定。为提高行政效率故，对行政许可换证和行政许可变更这两种申请合并受理无可厚非，但行政机关合并受理时应在程序上更加严格，要对这两种申请实施实质性审查。可是在本案中，陕西国土厅显然没有对本案中的一审第三人（二审被上诉人、再审被申请再审人）李钊单方面的有关北窑湾煤矿的行政许可变更申请没有予以严格的实质性审查，否则，不致于在李钊的行政许可变更申请获得许可之后，一审原告（二审上诉人、再审申请再审人）北窑湾煤矿才知道原本“集体”性质、负责人为樊占飞的北窑湾煤矿被变更为“个体”性质、负责人为李钊等人的“山东煤矿”。不宁唯是，与行政变更利益相关的任何个人或组织都应该对行政许可变更充分知情，本案中的行政许可变更应该得到北窑湾煤矿的同意，且北窑湾煤矿才是申请采矿许可证变更的唯一合法主体，后来才合伙入股的李钊在法律上并不具备独立作出许可变更申请的主体资格。
（2）陕西国土厅对于程序上存在严重瑕疵的李钊所申请的采矿许可证变更未尽到基本的实质审查职责，它应该对其准予变更许可的具体行政行为承担法律责任，而履行此等法律责任的基本方式当然是撤销该行政许可变更，以恢复被非法变更的北窑湾煤矿的法律上的本来面目。依常理，陕西国土厅应该在被告知李钊的采矿许可证变更申请材料存在造假时主动撤销它的行政许可变更行为，但在北窑湾煤矿向其提出书面更正申请后，它依然不对非法的行政许可变更予以更正，任由它的不具备合法性的行政许可变更后果继续发展下去，从而继续给北窑湾煤矿造成巨大的财产流失和权益侵害。与陕西国土厅同样非法、傲慢的是陕西省人民政府。北窑湾煤矿将本案诉诸法院之前，曾向陕西国土厅上一级行政机关——陕西省人民政府申请行政复议，请求陕西省人民政府审查其下级机关——陕西国土厅对李钊的行政许可变更申请准予许可变更这一具体行政行为，但陕西省人民政府逾期未予答复，其消极、傲慢心态和陕西国土厅毫无二致。对于行政相对人的更正申请和复议申请，陕西国土厅和陕西省人民政府均以消极的沉默态度对待，最终未给予任何正式的书面答复，对于他们的行政不作为，按照我国《公务员法》的有关规定应该对相关行政人员予以惩戒或处罚。
（3）陕西国土厅已然知道李钊2000年通过单方面的行政许可变更申请所取得的采矿许可证不具备基本的合法性的情况下，2003年还继续给李钊旧证换新证，陕西国土厅这种换证的行政行为是否合法呢？而李钊所换取的新的采矿许可证又是否具有法律效力呢？在本案二审中，榆林中院在判决书中指出：“上诉人横山县波罗镇北窑湾煤矿现所诉被上诉人陕西省国土资源厅2003年1月13日给被上诉人李钊的横山县波罗镇山东煤矿颁发的6100000320008号采矿许可证是被上诉人陕西省国土资源厅对2000年12月28日为山东煤矿颁发的采矿许可证的换发和延续，而该2000年12月28日颁发的采矿许可证的合法性未经任何行政和司法程序作出否定性评价，本案中人民法院并无权对该2000年12月28日颁发的采矿许可证合法性进行审查，并且只能承认该证颁发的合法性。”[19]在此判决中，榆林中院既认可陕西国土厅换证这种具体行政行为的合法性，又不否认陕西国土厅2003年颁发的许可证的合法性。但有点不可思议的是，在一年后的再审中，榆林中院又完全站到了这种立场的对立面。在再审判决意见书中，它说：“陕西省国土资源厅未按相关法律规定的法定程序严格履行其法定职责，给横山县波罗镇山东煤矿批准变更《采矿许可证》的行政行为，侵犯了原企业采矿权人的合法权益，属违反法定程序行为。2002年9月24日申请再审人得知被变更了企业名称和采矿权人等后，遂向有关部门申请予以更正，横山县矿管局、榆林市矿管局也逐级上报申请予以更正。国土资源厅本应依照法律对其错误行政行为予以纠正，但2003年1月13日国土资源厅非但未对其违法行为予以纠正，反而又给李钊换发了延续《采矿许可证》，该行政行为看似对原《采矿许可证》的换发，实质是对其违法侵权行为的延续，属无效的行政行为，故依法应予纠正。”[20]为什么榆林中院会先后对本案作出两个“终审判决”，这是下文将要讨论的问题。比较这两份判决意见，再审判决意见显然比二审判决意见更符合法律逻辑和司法精神。陕西国土厅2003年给李钊更换的新的6100000320008号采矿许可证是有原罪的，因为它所依据的陕西国土厅2000年颁发的旧的采矿许可证是通过私自涂改等非法手段获取的。而原告北窑湾煤矿曾先后向陕西国土厅和陕西省人民政府申请更正陕西国土厅2000年给李钊颁发的采矿许可证。因为一直得不到正式答复，最后才不得已而诉诸法院，以借助司法这最后一道正义防线救济其遭受侵害的权益。法官要审理本案当然无法回避对陕西国土厅2000年颁发给李钊的采矿许可证的合法性进行审查，否则，陕西国土厅2003年给李钊更换的新的采矿许可证的合法性问题就无从解决，这样的话，原告的合法权益必将在司法的殿堂同样得不到保护，就像它在行政机关的办公室没有得到保护一样。
行政行为之所以需要经得起司法审查，是因为任何行政行为都是由具体的有七情六欲的人所作出的，不同之处仅仅在于这种人是以国家公权力的名义而非个人名义作出行政行为。在行政行为作出的过程中，行政人员个人的价值观念和情绪偏好难免会渗透其中，此乃其一。其二，在现代法治国家，任何行政行为的作出都要求依法有据、自然公正，禁止越权、滥权和擅权。正是鉴于此两点原因，我们才允许行政相对人、第三人乃至任何人向法院提起行政诉讼以审查行政行为的合法性，以维护个人或社会公众的权益并将国家行政公权力控制在法律许可的范围之内。“无论制定法对于针对官方决定的上诉问题作出怎样的决定，让所有行使公共权力的决策者知悉以下这点都是有好处的：即法院可以对他们决定的合法性行使管辖权，也就是探询他们权力的限度以及对程序的合理遵守这些问题。”[21]在北窑湾煤矿案中，陕西国土厅和陕西省人民政府在权力的限度和对程序的合理遵守方面均存在着无可置疑的瑕疵乃至非法，如果法院缺乏对它们的行政行为予以基本的合法性审查权力，那我国必将重返人治的深渊而不可能踏上法治的康庄大道。
