同时，为了防止个别行政执法机关基于部门利益的考虑，片面强调行政优先和行政处罚、怠于移交刑事案件的做法，在食品安全犯罪案件中，应当确立“刑事先理”的原则。当案件既可能是行政违法案件，又可能是犯罪案件时，原则上应当先由司法机关按刑事诉讼程序解决行为人的刑事责任问题，再由行政机关依行政处罚程序解决行为人的行政处罚责任，解决“以罚代刑”和“移送难”的问题。对于行政机关而言，如果行政执法机关在行政执法时认为生产、销售有毒、有害食品的行为可能构成犯罪，应主动将案件移送司法机关，再视司法机关处理情况和法律规定来依法实施行政处罚；如果行政机关已适用了行政处罚后才发现食品生产、经营者的行为可能构成犯罪，行政处罚也不影响对犯罪嫌疑人刑事责任的追究，行政机关已经对犯罪嫌疑人进行了行政罚款，司法机关仍然可以适用刑罚。但是，人民法院判处罚金时，行政机关已经给予当事人罚款的，应当折抵相应罚金。此外，也不能单纯地适用刑罚，并以此排斥行政处罚，造成只判处刑罚，而不对经营企业执行吊销营业执照等行政处罚，造成法律适用上的悖论。
三、对“有毒、有害食品”的认定：鉴定结论与司法认定的关系
由于通说认为本罪的基本犯罪形态是行为犯，因此，判定是否有罪的关键在于对“有毒、有害食品”的认定。对于何种食品属“有毒、有害食品”，通常人们认为这是一个技术指标问题，应当由相应的鉴定机构做出鉴定结论，司法机关方能对案件的性质做出判定。如有人认为，对于将超出食品工业原料以外的工业原料添加到食品中，在客观上是否属于有毒、有害，应依据最高人民法院《关于审理生产、销售伪劣商品刑事案件有关鉴定问题的通知》，应以省级以上卫生行政部门确定的机构出具的鉴定结论为依据。如果并非属于有毒、有害，则不构成本罪{14}。但是，现实的问题是有毒、有害食品的认定或者没有相应的鉴定机关做出相应的鉴定，或者对于某些实质的有毒、有害食品却没有标准化的办法进行鉴定。如果司法机关对于“有毒、有害食品”都依赖于鉴定机关的鉴定，那么许多案件无法办理。
以食盐案件为例，在案件的办理过程中，对查获的假冒食用碘盐进行鉴定存在难题。检察机关为了查证犯罪嫌疑人非法加工的盐是否属于有毒、有害食品，办案人员将非法加工的盐样本交盐务局盐业稽查大队或食品药品质量监督局进行鉴定，但是盐务局盐业稽查大队只有鉴定样品盐是否加碘，而食品药品质量监督局只能鉴定出样品盐的物质成分，无法出具该盐是否属于有毒、有害食品的鉴定结论。因此，司法机关认为无法认定被告人生产、销售的假食用碘盐是否属于有毒、有害食品。再如“地沟油”的案件，直到当前也没有形成一种公认的、行之有效的鉴定方法。因此，对食品的鉴定结论并非也不应是司法机关认定“有毒、有害食品”的前提条件。应当结合技术标准和法学标准对“有毒、有害食品”进行判定。
