事实上，我国行政诉讼制度也是从民事诉讼中发展演化、逐步独立出来的，从某种角度来说，行政诉讼也是民事诉讼的特别程序。由此，我们可以认为，国家赔偿诉讼程序（类诉讼程序）与行政诉讼程序、民事诉讼程序三者的关系是一种特殊程序与一般程序的关系，即国家赔偿中的行政赔偿诉讼程序是行政诉讼的特别程序，而行政诉讼程序又是民事诉讼的特别程序，相应的，法律适用问题也可以按照特别法与一般法的关系处理，即，在认定行政赔偿甚至整个国家赔偿责任的（类）诉讼程序中，《国家赔偿法》有明确的程序规定，自然优先适用《国家赔偿法》，《国家赔偿法》没有具体规定的，适用《行政诉讼法》的规定，《行政诉讼法》没有规定的，比照或者直接适用《民事诉讼法》。由此我们可以认为，按照民事诉讼通用理论解释和处理国家赔偿中的证明责任分配规则，符合立法和法律适用的基本原则。
其次，《行政诉讼法》规定的证据、证明规则能否在国家赔偿（类）诉讼中的适用问题。行政诉讼有自己重要的举证、证明规则，我国《行政诉讼法》第32条规定，被告对其作出的具体行政行为负有举证责任，应当提供作出该具体行政行为的证据和所依据的规范性文件，这就是人们常说的行政机关对具体行政行为合法性承担举证责任的规则。行政机关已经作出的行政行为也是一种客观事实，但需要注意的是，行政行为的“合法性”是一种法律判断，而非事实判断。法律判断与事实判断之间存在根本性差别，学界普遍承认事实判断的结果有真伪不明这种可能性，但就具体行政行为来说，其法律性质的判断只有合法、不合法（违法）两种结果，不应该有处于合法与不合法（违法）之间的中间状态，不存在“真伪不明”这种认定结果。如果行政行为有瑕疵，审理行政案件的法官可以根据瑕疵的严重程度来判断行政行为的合法性是否会受其影响，一般来说，轻微瑕疵或可补救瑕疵不影响行政行为合法性的判断，而存在严重的实体瑕疵或程序瑕疵的行政行为，都应认定为不合法。这样，具体行政行为的合法性判断，就不存在类似于要件事实裁判中的实体意义证明责任问题，自然也就没有讨论如何分配的必要了。但是，认定具体行政行为是否合法，同样需要证据，由哪一方负责提交证据的问题依然存在。我国《行政诉讼法》要求行政机关承担具体行政行为合法性的举证责任，其中的原因也许有二：一是行政机关对自己作出职权行为的根据最清楚，提供证据相对于行政相对人来说更容易；二是严格依法行政是法治社会的基本要求，行政机关在作出具体行政行为之前就应该掌握充分的法律依据和事实根据，诉讼中承担更多的举证责任，至少是自证行为合法性，更符合公平公正的法律理念，同时也有利于促使行政机关依法行政，能够吸收社会不满情绪。
我国修订后的《国家赔偿法》删除了旧法第2条中的“违法”两字，如果引发国家赔偿责任的职权行为不以违法性为要件，自然也就不存在“违法性”的举证及其分配问题。然而，从《国家赔偿法》所列举的赔偿范围中可以看出，我国行政赔偿仍然全部以具体行政行为“违法”为条件，刑事赔偿中真正不以职权行为违法性为条件的也不多，[9]这样，在绝大多数的国家赔偿情形中，职权行为“违法性”或“合法性”的举证问题仍然存在。与《行政诉讼法》相关规定的道理一样，国家赔偿（类）诉讼中，也应该由国家机关承担其职权行为合法性的举证责任。原因很简单，同样是国家职权行为的合法性，如果两种诉讼中的举证责任分配结果不一样，就让人感到费解了。如此说来，我们需要对上文依照民事诉讼理论解释的证明责任分配规则加以修正：如果职权行为的“违法性”是国家赔偿责任的构成要件之一，该要件虽是赔偿请求权发生、成立的依据，但应该由赔偿义务机关承担举证责任，[10]关于侵权行为要件，无论是作为还是不作为，赔偿请求人只需证明该职权行为客观存在即可。
