（三）对税收执法成本的影响
上述规范文本带来的过重程序负担，不仅体现在作为优惠享受主体的企业方面，也体现在作为行政主体的税务机关方面。自2008年4月14日《高新技术企业认定管理办法》实施至2010年4月，全国共有112批次、26500余家高新技术企业通过了高新技术企业认定。[2]高新企业数量的巨大和认定工作的复杂性，决定了对申请企业实质审核的大量财政投入，还要求所涉及财政、税务和科技部门抽调人员通力配合，本身即需要较高的成本。但这种成本的合理性建立在国家对高新产业税收鼓励政策所必需的基础上，而以相同标准要求对高新资质的年度审核，更是大大增加了执法工作的成本，不仅浪费资源而且实无必要，影响了其他工作的正常开展。
三、高新优惠政策适用条件的立法意图与立法效果之间差异的学理分析
高新技术企业税收优惠政策的目的在于体现高新技术企业政策对企业自主创新的引导性，带动行业发展和税收增长。然而由于规范文本上出现的合法性与合理性瑕疵，其引导和鼓励功能受到了影响。这种影响的产生可以从以下几个方面加以说明：
（一）税务机关要求高新企业“备案”行为的法律性质
按照相关法律的规定以及法学理论界的通行标准，备案行为与登记行为、许可行为存在着严格的区分。“许可”是指有权机关根据公民、法人或者其他组织的申请，经依法审查，对符合条件的主体准予其从事特定活动的行为。在我国现行法的意义上，仅存在行政许可，并有《中华人民共和国行政许可法》对许可的设定、许可的实施机关和实施程序做出明确规定。“登记”则为现代法律意义上对需要特定民事行为，基于其他主体利益相涉而需要公信效果和对抗效力而进行的公示行为。登记分为登记生效和登记对抗，其作为生效要件的影响也仅存在于身份行为和不动产物权行为的影响上，并不影响导致该行为的原因行为的效力。备案行为则属于在对象行为已经完成并发生效力后，为管理上的方便和查询的需要，以及将来可能出现的其他不确定因素，而要求对对象行为在特定档案中做出记录的行为。
由上可知，只有行政许可才对备案的内容做出实质审查，从而决定是否做出许可决定。登记一般情况下仅对备案内容做出形式审查，而备案则根本不影响备案行为的效力。而国税函[2009]203号文第5条和第6条名为备案，其规范性条文的内容却具有行政许可的核心特征。“虽取得高新技术企业资格但不符合企业所得税法及实施条例以及本通知有关规定条件的企业，不得享受高新技术企业的优惠；已享受优惠的，应追缴其已减免的企业所得税税款”的表述，赋予了税务机关对备案材料进行实质审查的权力。
