二、高新技术企业优惠政策适用条件的规范文本在执行过程中出现的问题
（一）程序的复杂化并不能达到净化行业环境、增强监管的效果
国家税务总局在203号文中发布的关于备案的规定，以及“虽取得高新技术企业资格但不符合企业所得税法及实施条例以及本通知有关规定条件的企业，不得享受高新技术企业的优惠”的内容，是为了防止一些实际上不具备高新资质，但通过伪造证明材料等方式取得了高新证书，从而骗取税收优惠政策行为的发生。通过对企业“不符合条件”的认定，否定取得资格的企业享受税收优惠的权利，从而净化高新企业的行业环境，保证真正的“高新”企业能够切实享受优惠。
然而，在实践中，由于高新资格取得的本身即要求较高的实体条件和程序要件，且其认定时要提供详细、完备的证明材料，经过认定审查甚至复审审查后取得资格的企业在大多数情况下是符合法律文本所规定的条件的。其中不符合条件而具有资质的企业少之又少，甚至可能根本不存在。此种情况下，复杂化的程序设计并不能实际起到增强监管的效果。
即使由于对申请材料的实质审查过程当中出现了一定的问题而导致部分不符合条件的企业享受高新优惠，也是由于材料审查过程环节的瑕疵造成，此时应当通过制度创新和加强对审批过程的质量控制环节来完成，而不是通过基于相同标准的重复审查。很难想象，没有经过标准变更的重复审查会对审核结果带来实质性的变化。
（二）高新优惠的申请与认定给企业带来过重程序负担，偏离了立法本意
虽然每个规范性文件都对企业需提供的实体证明材料和需符合的程序都做出了看似合理的规定，然而在适用过程中，由于企业需符合所有申请时有效施行的规范性文件的规定存在，其实体合规义务和程序义务便加大了许多，尤其是程序义务会成倍增长。如报送材料并等待审查结果的过程，企业原本需每三年经历一次，而在203号文出台“备案审查是否通过”作为是否可以享受优惠政策的最终决定因素之后，企业报送材料并等待审查结果的义务便成了每年均需履行。
程序负担对于单个纳税主体的成倍放大，使一些企业面对复杂的程序和备案审核不通过的风险望而却步。由于高新申请材料的准备和整理耗费大量的人力物力，申请完成后又可能面临每年“不符合条件”而不能享受优惠的可能，一些原本符合资质的企业反而宁愿选择不申请高新认定。放到对整个行业的影响上，虽然有法律法规规定上的“利好”与“受宠”[1]地位，高新认定却因为规范性文件的种种限制而有着“鸡肋化”的趋势，对行业的促进和鼓励作用难以体现。这与我国“为高新技术企业提供税收优惠、创造良好税收环境”的税收政策和“促进科教文卫事业发展、促进科技成果的转化和先进科技行业发展”的立法本意出现了悖离。
