国家税务总局于2009年4月22日发布了《国家税务总局关于实施高新技术企业所得税优惠有关问题的通知》（国税函[2009]203号），规定了关于高新技术企业的过渡期政策，并对高新企业享受税收优惠的程序做出了规定。鉴于过渡期政策属于特殊时期政策且已执行完毕，本文仅对备案程序做出探讨。
203号文第4条确认了《管理办法》与《工作指引》关于享受税收优惠权利的规定，第五条对企业的年度备案义务纳税年度终了后至报送年度纳税申报表以前，已办理减免税手续的企业应向主管税务机关备案以下资料：（一）产品（服务）属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围的说明；（二）企业年度研究开发费用结构明细表（见附件）；（三）企业当年高新技术产品（服务）收入占企业总收入的比例说明；（四）企业具有大学专科以上学历的科技人员占企业当年职工总数的比例说明、研发人员占企业当年职工总数的比例说明。
203号文第6条规定：“虽取得高新技术企业资格但不符合企业所得税法及实施条例以及本通知有关规定条件的企业，不得享受高新技术企业的优惠；已享受优惠的，应追缴其已减免的企业所得税税款。”该规定实际上通过备案的方式，赋予了主管税务机关对享受高新优惠条件的实质审查权，通过对企业在备案过程中提交材料的审核，主管税务机关可以认定其“不符合相关规定”，而否定具有高新资格并取得证书的企业对优惠政策的享受。
（四）规范文本之间的差异性与协调
仅从法律文本本身来看，上述五个法律文件的关系应当是一脉相承、环环相扣的。法律以及行政法规仅对基本政策、权利内容作出规定，具体操作办法和执行工作当中的有关问题由最高行政机关制定。一方面，法律法规中明确对行政分支进行授权，另一方面，国务院各部委共同或单独发布的上述规范性法律文件的正文中，也有根据上位法、先前规定制定本通知的明确表述。从这个意义上来说，并不存在冲突、抵触的可能。
但事实上，上述法律文本从数量上和内容上都对高新企业的遵照适用造成了困难。企业不仅需要承受复杂的申请认定程序，还要经历三年一次的复审，而203号文又新增了企业的备案义务。这些规定的实际执行对高新行业造成的影响，将在下一部分中具体阐述。
