一、《草案》对物的强制措施的相关修改
《草案》虽然没有在强制措施部分明确纳入对物的强制措施，但在侦查和特别程序等处涉及到扣押问题也进行了一定的修改，主要有以下几个方面。
（一）对物的强制措施的救济手段
我国刑事诉讼实践中对物的强制措施一直缺乏必要的程序上的救济手段。例如在某案件中，侦查机关在没有出具扣押清单的情况下，违法扣押属于犯罪嫌疑人所有的轿车一辆，之后的各个诉讼阶段的有关诉讼材料中，均未反映出对该财产的扣押情况，因此，法院最后的判决书并未对已扣押的轿车作出处理。当事人只能向上级机关和纪委反映，并无其他有效的救济途径来维护自己的权利，最终也只能凭借法律之外的其他手段来实现权利。而此时，该车已经过公安机关一年多的不合理使用，且缺乏妥善保管，磨损严重，基本报废。对于刑事办案部门以行使职权为借口，公然侵吞公民合法财产的行为，尤其是法院判决书中没有涉及的已扣押物品，法院以刑事侦查行为为由拒绝纳入行政诉讼的范围，类似案件目前并无有效的其他诉讼救济途径。
对此，《草案》第45条增加了一个条文，规定当事人和辩护人、诉讼代理人、利害关系人认为司法机关及其工作人员有违法实施人身强制措施以及违法采取搜查、查封、扣押、冻结等侦查措施以及相关违法行为的，有权向该司法机关申诉或者控告。受理申诉或者控告的机关应当及时处理。对处理不服的，可以向同级或上一级人民检察院申诉。这一规定仍然采取的是向办案机关申诉、控告，以及向同级检察院或上级人民检察院申诉的做法，并未解决这类违法行为的救济途径的问题，因为泛泛地赋予一个申诉权而无明确的程序性设计，其实是一种行政化的处理思路，并不是按照诉讼的模式进行构建的，在实践中往往取决于长官意志，导致上访等问题日益严重，将本应由司法解决的问题推向社会。
（二）被追诉人在诉讼过程中死亡、失踪、在逃或丧失诉讼能力而导致诉讼中止的情况下，扣押款物的处理问题
曾有这样的案例，某国家机关工作人员涉嫌贪污受贿被检察机关立案侦查，在讯问过程中，趁办案人员一时松懈，跳楼自杀身亡，而此时，仅案发后检察机关搜查其办公室就发现并扣押了上千万的银行存款和有价证券，这些财物与其收入明显不符，那么对这部分扣押款物应如何处理呢？另外，因犯罪嫌疑人、被告人失踪、在逃或丧失诉讼能力而导致诉讼中止的情形，如何处理涉案的赃款赃物，也是困惑司法机关的问题。久拖不决显然与保护犯罪嫌疑人和被告人合法利益的精神相违背，简单发还更不符合公平正义原则。
对于被追诉人在刑事诉讼过程中、判决做出前死亡的，根据我国《刑事诉讼法》第15条规定，“不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪”，但是没有规定如何处置被追诉人的涉案财物。《最高人民法院关于执行＜中华人民共和国刑事诉讼法＞若干问题的解释》第294条、《人民检察院刑事诉讼规则》第277条、《公安机关办理刑事案件程序规定》第231条、六部委《关于＜中华人民共和国刑事诉讼法＞实施中若干问题的规定》第19条和《规定》第26条、第27条第2款都只规定了在侦查、审查起诉过程中被追诉人死亡的情形下，对其被冻结的存款、汇款应当予以没收或返还被害人的，追诉机关可以申请人民法院裁定通知冻结该存款、汇款的金融机构上缴国库或返还被害人。对于审判过程中被追诉人死亡的案件，被追诉人的涉案财物的处理以及侦查、审查起诉过程中被告人死亡的案件中被冻结以外的其它财物的处理并无规定，从而导致在司法实践中，追诉机关对被追诉人死亡案件的涉案财物有较随意的处置权，除了侦查、审查起诉案件中对冻结款项的处理要申请人民法院做出裁定外，对于其他被追诉人的涉案财物，追诉机关可以自己决定怎样处置。另外，对侦查、审查起诉过程中被追诉人死亡的案件，人民法院不需经过开庭审理，仅通过阅卷、审查有关证据材料即可做出裁定如何处置被追诉人已经被冻结的存款、汇款。这种做法存在明显的缺陷，即未经公开、公正审理，而确定在诉讼案件中的公民的权利和义务。尤其在被追诉人无法行使任何诉讼权利的情况下对其财物进行处置，明显违背了控辩平衡原则。[3]同时，也剥夺了被追诉人的上诉权等救济权利。
