（2）自首认定随意
自首制度是我国刑法规定的重要的法定量刑情节。关于自首的适用对象和条件，我国刑法有严格的限制性规定。调查显示，在职务犯罪适用缓刑、免刑的判案中，“自首”情节泛滥成灾，已然成为官员犯罪缓免处罚的必备情节。实践中真有这么多的贪腐官员良心发现而自首吗？职务犯罪中的自首认定频繁，存在如下问题：1．自首实质性要件掌握不严。由于查办职务犯罪工作的特殊性，其侦查程序不同于一般刑事犯罪，往往是纪检监察机关在发现有犯罪嫌疑之后，先对嫌疑人进行调查，再移交检察机关进行侦查和起诉，因此一些犯罪嫌疑人在检察机关侦查介入之前，已经被纪检监察等执纪执法机关调查，司法实践中，这样的案件往往被认定为自首，其依据是最高人民法院于1998年5月9日起施行的《关于处理自首和立功具体应用法律若干问题的解释》第1条第1款中的“自动投案，是指犯罪事实或者犯罪嫌疑人未被司法机关发觉，或者虽被发觉，但犯罪嫌疑人尚未受到讯问，未被采取强制措施时，主动、直接向公安机关、人民检察院或者人民法院投案”，“罪行尚未被司法机关发觉，或因形迹可疑，被有关组织或司法机关盘问、教育后主动交待自己的罪行的，应当视为自动投案”，对这一实质性要件，司法部门在认定时过分强调“犯罪嫌疑人尚未受到讯问，未被采取强制措施时”，“罪行尚未被司法机关发觉”，而无视“主动交待自己的罪行的”另一更重要的实质要件，造成不论嫌疑人在纪检部门是否主动交待罪行，只要是案件经过纪检部门先行调查的，都被认定为自首。二是对自首的法律后果不加区分，不考虑自动投案的动机、阶段，交代事实的完整性、稳定性以及对于社会的危害程度等其他犯罪情节，把自首的“可以型”情节当作“应当型”情节，也不区分“从轻”、“减轻”、“免除”之分，在量刑时不是依照情节把控从轻、减轻、免除，把可以从轻、减轻处罚演变成应当减轻、免除处罚。
（3）赃款去向影响定罪
赃款去向在我国刑法理论中本不属于犯罪构成要件（除挪用公款外），甚至亦不是量刑必要情节，司法机关在办理其他犯罪案件中，也不考虑赃款用途对定罪的影响，但唯独在财产型职务犯罪中，赃款去向成为定罪的关键情节。在司法实践缺乏充分论证，亦没有相应司法解释的情况下，长期以来，法院一般都遵循着将赃款因公支出部分从犯罪数额中扣除的做法，这一做法明显违背犯罪构成及既遂认定标准。犯罪所得赃款不论是个人挥霍、因公支出还是捐助慈善等等，都属于犯罪既遂后对赃款的处置行为，最多只是量刑需考虑的情节，并不影响定罪。司法实践中对贪污贿赂犯罪此种扣除做法，客观上造成了翻供翻证的普遍示范效应，也使得案件在法院、检察院或检察机关侦、诉部门之间来回退查，花费侦查机关大量的人力物力去查证翻供翻证，在不能查实又不能查否的情况下，往往以撤案、不起诉做最终处理，造成相当一部分嫌疑人逃脱了法律制裁或被减轻犯罪事实和数额后轻判免刑。
4．查处难，干扰大，职务犯罪黑数大
职务犯罪查处难是对职务犯罪负有侦查职责的检察机关近几年来深切感受到的，尽管近些年来对检察系统的内部考核把查处职务犯罪案件数量作为考核评比的重要标准之一，但查处难现状不但没有改善，反有愈演愈烈之势。一是职务犯罪本身隐蔽性强，手段多样，不易发现，证据较多依赖言词证据，取证难，易翻供；二是职务犯罪主体多为国家机关工作人员，案发前担任重要职务，大多背景深厚，关系复杂，办案易受人情干扰；三是司法机关人财物受地方控制，受案外因素干扰较多，一些案件出于政治因素或其他因素考量，为避免牵连太多，引发局部震荡，往往被要求从轻处理或不立案或撤案，在地方司法机关独立性、公正性难以保证的情况下，对贪腐案件的处理难免加杂更多的非司法因素。
