如果因黑白合同实质条款不一致而引发纠纷，承办法官不能准确理解和适用《建筑法》、《招投标法》及《合同法》等现行相关法律法规，而是依据司法解释第二十一条，在证据采信上简单认定“白合同”有效、“黑合同”无效，统一适用中标备案合同，有可能认定了当事人的虚假意思和表示，导致少数法官机械适用司法解释而错误裁决案件，还会导致一方当事人片面理解司法解释、出现不断申诉、上访的局面，还有过于维护行政部门权威的价值取向，违反了行政权力必受监督的法律运行机制，更为司法腐败者提供了机会和借口，既不符合市场经济契约自由的原则，也有违当事人私权自治的基本法治理念，与现行法律法规体系相悖，与中国法治建设目标背道而驰。
现行法律法规对涉及招标投标、备案及施工合同关系的规范和调整，已经系统化。《建筑法》第十九条规定，建筑工程依法实行招标发包，对不适于招标发包的可以直接发包。《招标投标法》第三条列举了在工程建设中必须进行招标的项目；该法第三十三条规定，投标人不得以低于成本的报价竞标，也不得以他人名义投标或者以其他方式弄虚作假，骗取中标；该法第四十六条招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。《建设工程质量管理条例》第十条规定，建设工程发包单位不得迫使承包方以低于成本的价格竞标，不得任意压缩合理工期。《合同法》第五十二条明确列举了包括违反法律、行政法规的强制性规定等五种合同无效的情形。
