关于案涉工程造价的确定问题，该中级法院认为，虽然补充合同及备案合同均被确认为无效，但并不影响双方当事人在结算过程中对结算方式的选择性，根据该案的具体情况，对涉案工程的造价参照补充合同的鉴定结论予以确定，主要理由如下：在实际履行过程中，建设单位按补充合同付款，且已超过备案合同约定的价款，建设单位亦按补充合同为依据发送函件，双方发生争议后，建设单位又依据补充合同书面请求有关部门协调，实际履行是合同履行的基本原则，对案涉工程的造价应按补充合同的鉴定结论予以确定。
不少人认为，上市房地产开发公司运行比较规范，下面一个条款在上市房地产开发公司施工合同中也是一个常见条款，“本工程需向某建设工程招标投标管理办公室备案时，双方约定同意按政府规定格式另行起草备案合同，本合同作为备案合同的补充协议；本合同与备案合同条款不一致时以本合同为准。”
有些“黑合同”（即补充合同）约定更为直接：有关本工程的备案合同，不管工程名称、承包范围、工期、质量要求、价款约定、付款约定等如何叙述，只作报建、报监、备案等办手续之用，补充合同是本工程的唯一履行和结算合同。
通常情况下，建设单位寻找施工单位谈判时，首先要考虑以下两个因素，一是施工单位过去有质量较好工程的业绩，是品牌引导市场效应的结果；二是双方能够沟通，最好有良好合作的过去，因为建设工程建设周期长，没有良好的合作或默契，很难按期按质完成一项工程任务。
当前，建设工程领域出现众多黑白施工合同现象，在建设单位过分压价和当事人规避政府强制监管的传统原因之外，呈现出新的特点，既有为套取银行贷款而抬高白合同价款的情形；也有因政府（部门）搭车违法乱收费为少交税费而压低白合同价款的现象；还有建设单位主动找施工单位适当压价先签合同、甚至让施工单位先进场并要求施工单位找第三方陪标后备案的情况；更有少数地方政府缺少资金，但为追求政绩从而事先寻找投资或合作伙伴、预先订立协议、形式上走一下招投标程序的特例。
前述情形，远远超出了司法解释第二十一条出台的背景，当时主要针对建设单位片面压低造价、缩短工期、要求施工单位垫资施工等现象，试图强化行政审查和监督，实现整顿建设工程领域秩序、规范施工合同、保护农民工权益的目标，显而易见，司法解释第二十一条，已经落伍于签订和履行施工合同的丰富实践，远离了中国国情。
