第二，充分发挥不起诉制度的法律功能。一是全面落实新的不起诉制度规范。严格执行“应当”类不起诉，准确把握“可以”类不起诉，切实遵守“附条件”不起诉的法定规格。在公诉执法实践中，对于“可以”类不起诉的适用，应注意三点:其一，既要把握刑法分则的规定，又要把握刑法总则的规定，进而全面考察犯罪嫌疑人是否具有不需要判处刑罚或者免除刑罚的法定情形;其二，对适用刑事和解机制的案件，要注重考察“和解”情况及效果对犯罪嫌疑人的犯罪动机、犯罪后的态度等方面的评价产生的影响;其三，对于在征地拆迁等社会热点问题和中小企业发展中所发生的一些轻微犯罪案件，应注意将案件置于经济社会大局之中考察其犯罪情节。进而既积极又慎重地适用“可以”类不起诉，以促进不起诉制度法律功能的有效发挥。二是切实强化对不起诉决定的监督制约。尤其是要强化上级检察院对下级检察院在不起诉自由裁量上的监督，防止因不起诉决定权的滥用导致该制度法律功能的丧失。对于证据不足不起诉的案件，如果发现了新的事实和证据且达到了“确实、充分”的证明标准，或者对于附条件不起诉的案件，如果在考验期内出现了应当撤销附条件不起诉决定的情形，则应及时撤销原不起诉的决定，依法提起公诉。
第三，高度重视不起诉案件中的社会矛盾化解。执行新刑事诉讼法规定的不起诉制度，应将化解社会矛盾贯穿于始终，既注意化解案件中的矛盾，又重视防止因不起诉而引发新的矛盾。首先，严格遵守相关制约机制。要严格依照有关法定程序分别接受公安机关、被害人和被不起诉人对不起诉决定的制约。其次，优化不起诉环节的工作。对不起诉决定既要讲法条又要讲道理，将叙事、说法、论理有机结合，对疑难案件尤其是备受社会关注案件的不起诉，对重大案件因证据不足的不起诉，要采取邀请专家学者参加论证、邀请相关组织和人员参与评议等方式，实行多方参与的公开审查，强化不起诉诉讼活动的民主化和透明化，将对社会矛盾的化解和对公诉执法可能引发矛盾的防范融入作出不起诉决定的全过程。再次，坚决禁止不起诉诉讼活动中的利益驱动。实践中，一些地方基于对刑法第64条关于涉案物品处理规定的错误理解，在办理不起诉案件中，违背刑事诉讼法关于对被不起诉人需要没收其违法所得的应移送有关主管机关处理的规定，直接追缴违法所得和涉案财物，严重侵犯被不起诉人的权益，常常引发涉检上访。对此，必须予以明令禁止，并强化自身监督。
