制度设计与制度执行规则设计必须一并考虑，是《刑事诉讼法》再修改中需要注意的一个重大问题。这是因为，制度与制度执行二者之间可谓纲举目张，否则制度只能被虚置、束之高阁，除了宣示意义，没有其他任何的实际价值。
从现行《刑事诉讼法》看，其规定了很多很好的制度，但如何在实践中贯彻执行一直是一个大难题，这也是《刑事诉讼法》被司法实务部门诟病的主要原因之一。由于《刑事诉讼法》有些规定粗糙、模糊并且过于原则化，以致司法机关自由裁量权过大，出现司法不公甚至司法腐败等现象，严重损害司法公信力。例如，关于死刑的执行方式。《刑事诉讼法》第212条规定：“死刑采用枪决或者注射等方式执行。”众所周知，采用枪决与注射方式执行死刑，给罪犯临死前造成的痛苦迥然不同。那么，在什么情况下采用枪决的方式？在什么情况下采取注射的方式？罪犯对此是否有选择的权利？[20]对此《刑事诉讼法》没有明确规定。鉴于此，《刑事诉讼法》再修改时应当重视和关注法律的实际运作。有论者指出，欲了解任何一个国家的法律秩序，仅仅看它的官方规范是不够的，还必须看到制度是如何运作的。[21]美国学者费里德曼认为，法律制度像一架庞大的机器，你不能仅凭看看说明书，就说机器是如何运转，你必须在真实的生活中去观察，看它转动着的所有部件。有的可能已经磨损坏了；有的可能还在起作用但与设想中的作用已经不同；而有的则可能完全是闲置不用，不能构成运作中的机器。[22]对此，笔者认为刑事诉讼制度不明确带给司法机关实际执行上的困难，导致法律难以执行，这将会严重损害法律的权威和尊严。因此，《刑事诉讼法》再修改时，应当深刻汲取以往的立法教训，在进行制度安排时应当尽可能多地考虑司法实践的可操作性。例如，关于监视居住条件的修改。草案将监视居住定位于减少羁押的替代措施，并对监视居住规定特定的适用条件，与取保候审适用条件相区别。具体地说，监视居住措施的适用条件主要有：第一，适用于符合逮捕条件，但对患有严重疾病、生活不能自理的，怀孕或者正在哺乳自己婴儿的，因为案件的特殊情况或者办理案件的需要，采取监视居住措施更为适宜的，以及羁押期限届满，案件尚未办结，需要采取监视居住措施的情形；第二，对于符合取保候审条件，但犯罪嫌疑人、被告人不能提出保证人也不交纳保证金的，也可以监视居住；第三，对于涉嫌危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪、重大贿赂犯罪的犯罪嫌疑人、被告人，监视居住在住处执行可能有碍侦查的，经上一级司法机关批准，可以在指定的居所执行；第四，人民检察院对监视居住执行进行监督，监视居住不得在羁押场所、专门的办案场所执行，并规定通知家属、律师会见等救济措施；第五，指定居所监视居住的期限，应当折抵刑期。可以说，由于这一制度的规定细化了执行内容，具备了可操作性，就可以把以往被束之高阁的监视居住请下楼，落到实处，发挥作用。但修改草案中也有部分制度并没有细化，比如，对于非法言词证据，草案规定为“采用刑讯逼供等非法方法收集的犯罪嫌疑人、被告人供述和采用暴力、威胁等非法方法收集的证人证言、被害人陈述，应当予以排除”。对此条中“刑讯逼供”、“非法方法”如何理解？由于草案中没有进一步细化规定，司法机关适用该条时如何认定是否构成“刑讯逼供”、“非法方法”？界定的标准和条件又是什么？标准不明确会影响制度的执行力。
