（二）程序方面
（1）“多重没收”层出不穷的原因及危害
我国部门众多，职能分配界限不是很明确，由于各个部门之间存在着利益上的冲突和重叠。并且，在行政立法上，对于某些财产的没收没有明确规定由哪个部门负责，这就助长了行政执法过程中对同一事实进行多重没收的可能性。行政没收中的“多重没收”层出不穷，危害了行政相对人的合法权益，妨碍了社会主义市场经济的稳定和发展，破坏了整个法律体系的和谐统一，阻碍了法治的进程，与法治原则背道而驰。
（2）关于行政执法人员任意地将没收的范围扩大或缩小，混淆没收界限的原因分析及其危害
没收的范围和和界限不明确，为执法人员任意地将没收的范围改变开了方便之门。即，要么人为地扩大没收的数额和范围，将本应属于合法所得的财产认定为违法所得；要么人为地缩小没收的范围和数额，将本应属于违法所得认定为合法所得。
一旦发生扩大，必然损害行政相对人的合法财产权益；一旦缩小，必然损害受害人方的合法权益，使受损害的社会关系不能得到应然的纠正。总之，损害了行政相对人或其他人的合法财产权益，造成了法律上的“任意增减”，社会上的“秩序缺乏”、公民的“无所适从”、公权的“伸缩不定”、“公信尽失”，法治在行政没收问题上成了“待字闺中”，直接影响了行政执法、行政审判的公正和效率，导致没收制度的实际执行的效果不够理想，给适法、执法和守法造成了严重混乱。
（3）行政没收执行的自由裁量权过大的原因及危害
行政机关及其行政工作人员，在具体执法过程中有充分的“自由裁量权”，不可避免地出现了根据自己的个人喜好、利益、与当事人的远近亲疏等社会方方面面的因素做出不公正的裁量。行政没收执行的自由裁量权过大，成为部门和地方利益的保护伞，容易滋生职权滥用和腐败。这就背离了依法行政、客观公正等执法原则，造成了执法人员滥用职权，滋生腐败。“自由裁量权”成为了某些行政机关及其工作人员谋财的手段，损害了行政相对人和其他人的合法权益，影响了国家财政的增收，危害了国家工作人员的廉洁性，破坏了公权力的权威性。
（4）行政没收是否适用听证制度的难题
我国《行政处罚法》第42条规定了行政处罚的听证范围：“行政机关作出责令停产停业、吊销许可证或者执照、较大数额的罚款等行政处罚决定之前，应当告知当事人有要求举行听证的权利；当事人要求听证的，行政机关应当组织听证”。从表面上看，行政没收并不属于行政处罚法明文列举的听证范围。但行政处罚法在列举了责令停产停业、吊销许可证或者执照、较大数额的罚款这三类应当告知当事人有听证权利的行政处罚之后，用了一个“等”字。然而，，对于这个“等”字到底是做扩大解释还是缩小解释，一直以来都没有定论。
