但是，我国行政没收制度存在着以下几大问题：
第一、实体方面
行政没收的范围不明确，没有一个统一的计算标准
第二、程序方面
（1）“多重没收”层出不穷
（2）任意地将没收的范围扩大或缩小，混淆没收的界限
（3）行政没收执行的自由裁量权过大
（4）行政没收是否适用听证制度的难题
（5）对行政没收的收缴存在很大的困难
（6）没收财产处理不当，缺乏一套完整的处理机制
二、我国行政没收制度中不足的原因分析及影响
（一）实体方面
（1）关于行政没收的范围和计算标准的不足及影响
行政没收主要是对违法行为人非法财物和违法所得的没收。然而，我国现行《中华人民共和国行政处罚法》第8条中只规定了对非法财物和违法所得的没收，却没有规定“违法所得”和“非法财物”的范围和计算标准。因此，对行政没收的范围和计算标准学界众说纷纭，在司法实践中，各行政机关和部门各有各的做法。
由于法律对于违法所得界定不是很清楚，使得这种处罚方式在实践应用上经常引起争议。围绕着“违法所得的范围和计算标准”，学界主要存在以下争议：第一，由“违法所得”概念的争议引发的范围的争议。第二，违法所得是否应当扣除成本。
关于没收非法财物，学界对非法财物定义的界定比较一致。因此，关于非法财物的范围和计算标准并没有多大的争议。张正钊、胡锦光主编的《行政法与行政诉诉讼法》一书中对非法财物作了如下定义：非法财物，是指违法者用于从事违法活动的违法工具、物品和违禁品等。[1]这一定义，将“非法财物”的范围限定于从事违法活动的违法工具、物品和违禁品等，对其没收属于对公民违法私有财产的没收，是不违背宪法和物权法原则的，也是被学界所普遍认可的。
但是，在司法实践中，由于对法律条文的不同理解和解释，有时候，对非法财物的没收范围还包括了对公民合法财产的没收。如：依据我国《森林法》对无证运输的木材的没收。无证运输的木材分为两种情况，一种是砍伐人持木材砍伐证砍伐的木材，另一种是砍伐人没有木材砍伐证砍伐的木材。而在这种无证运输情况下被没收的木材可能包括有木材砍伐证砍的木材，也可能包括无证砍伐的木材。我国在立法的时候并没有把这两种情况分开考虑。无证运输人对无证砍伐的木材的占有是非法占有，是其非法财物。因此，行政机关对无证运输人无证砍伐的木材的没收是对公民非法财物的没收，是符合我国法律的规定的。但是，无证运输人对持证砍伐的木材的占有是合法占有，木材是其合法的私人财产。因此，如果行政机关没收无证运输人持证砍伐的木材则是对公民的合法私有财产的没收，这明显是违背我国《宪法》和《物权法》关于保护公民合法的私有财产的规定的，是违法的。诸如此，还有《渔业法》中因非法捕捞对合法渔具渔船的没收等等。这样，立法上的不完善就会带来执法上的不合理和不合法。
