按照上述规定，在商标权侵权诉讼中，如果经过了5年的除斥期间，被告能否再主张当然无效抗辩呢？这个问题日本存在两种截然相反的观点。一种观点认为除斥期间规定了争取权利的有效时间界限，在该时间经过后则无效理由合法化，其后在任何程序中都不得再就商标权的有效性进行争议，在商标权侵权诉讼中当然也不得再提出当然无效抗辩。{14},{15}313另一种观点认为，虽然按照《日本商标法》第47条规定不能再提出商标权无效审理请求，但该法39条规定了商标权侵权案件适用《专利法》第104条之3，而商标权无效审理程序和商标权侵权诉讼程序是两条不同的路径，其判断结果也可能有不同，因而在商标权侵权诉讼中可以主张当然无效抗辩。{16},{17}56,{10}123。
本文认为，侵权诉讼中的商标权人虽然违反商标法规定申请并获得了商标注册，但因为经过5年的除斥期间后，商标权人在商标使用过程中已经积累了一定程度的信用，对产业的发展也起到了促进作用，此时如果再允许被告（可能是商标上的原权利人、也可能是原权利人以外的第三人）行使当然无效抗辩，将给商标权人造成过大的不利益，也会破坏已经形成的交易秩序，因而上述第一种观点可取。
3．专利权无效审理非适格请求人是否能够提出当然无效抗辩？按照《日本专利法》第123条第2款规定，在冒认专利申请、违反共同发明创造专利申请的情况下，只有利害关系人（冒认专利申请情况下，指真正的权利人，包括发明人和其他依法获得专利申请权的人。在共同发明专利权申请情况下，指单独提出专利申请以外的其他共同发明人）才能提出专利权无效审理请求，由此产生的一个问题是：在专利权侵权诉讼中，上述利害关系人以外的第三人是否能够提出当然无效抗辩？
对于上述问题，中山信弘先生持否定意见。{2}321但高部真规子法官持肯定意见。高部法官认为，从本不应当由原告获得的专利权及其权利行使的判例理论来看，不一定要使当然无效抗辩和专利权无效审理程序完全一致，这样一来，虽然从《日本专利法》第104条之3中“根据专利权无效审理”的语句来看难以直接得出利害关系人以外的人可以提出当然无效抗辩，但据此还是可以解释出利害关系人以外的人也有主张的可能性。在上述特定情况下，如果不允许利害关系人以外的第三人在专利权侵权诉讼中提出当然无效抗辩，则冒认专利权人可以要求被告进行损害赔偿，获得本不应当获得的赔偿金，这本身就是一个问题。由于判例理论上的权利滥用说，使弹性的判断成为可能，因此这种情况下，与其让被告主张该法第104条之3的抗辩，倒不如让其基于判例理论的权利滥用论来解决。{7}184
高部法官的上述主张应该说是可以成立的。从《日本专利法》第104条之3的规定看，“专利权根据专利权无效审理应当被认定为无效”虽然限定了在冒认专利申请等情况下提出无效审理的请求人的适格性，但并没有因此而限定可以提出当然无效抗辩的被告主体资格，因此虽然在专利权无效审理程序中不能成为适格请求人，但由于专利权无效审理程序和专利权侵权诉讼程序属于两种性质不同的程序，在专利侵权诉讼中则完全可以成为当然无效抗辩的适格主体。如此理解的好处在于，可以使侵权诉讼中的当事人双方实现诉讼地位平等，否则，基于专利权有效性推定的原告将处于有利地位。
4．在专利权经过无效审理并且日本特许厅作出维持专利权有效性的审理决定后，能否基于同一事实和证据主张当然无效抗辩？一种观点认为，既然日本特许厅已经作出了无效理由不存在、维持专利权有效性的审理决定，根据《日本专利法》第167条“在专利权无效审理或者延长专利权期限无效审理决定进行了登记后，任何人不得再基于同一事实和证据请求审理”的规定，在侵权诉讼中当事人就专利权的有效性发生争议后，没有必要再基于同一事实和理由来阻止专利权人行使权利，否则有违同一纠纷不得重复进行这样的诉讼上的诚信原则，因而被告不得再主张当然无效抗辩。{18}185,{17}56,{2}321另一种观点认为，由于日本专利法采取专利权无效审理和侵权诉讼中的无效抗辩两种不同路径的法律制度，两者之间得出的结论可能并不一致，因此在不同路径中主张无效并不会直接导致纠纷重复进行，如果是站在专利权人不得行使存在无效理由的专利权角度看待问题的话，被告在提出过无效审理并且专利局作出维持专利权有效性的决定后，在侵权诉讼中还是应当可以主张当然无效抗辩的。{10}136
确实，正如上述第二种观点所言，专利权无效审理程序和侵权诉讼中的当然无效抗辩是主张专利权无效的两种不同程序，日本特许厅关于专利权有效无效的判断和法院的判断结论并不能保证绝对一致，考虑到日本特许厅的判断和一审法院的判断都必须接受东京知识产权高等法院的一审或者二审或者日本最高法院的终审[15]，因此允许被告在专利权经过无效审理并且特许厅作出维持专利权有效性的决定后再基于同一事实和证据主张当然无效抗辩更加符合《日本专利法》第104条之3的立法目的，更能平衡当事人之间的利益关系。
