首先，“但书”条款在司法中的合理适用体现了司法者对立法者的尊重。由于社会发展的无限性与成文法的局限性以及立法者智慧的有限性之间始终存在冲突，一部制定得非常完善、不需要司法者作出任何解释的刑法是不存在的，因而，司法实践中就会有许多问题需要司法者加以解释，立法者也就不得不赋予司法者一定程度的自由裁量权。例如，立法者虽然在“但书”条款的指导下对刑法分则规定的许多犯罪作了定量规定，但对于其中的“数额较大”、“数额巨大”、“数额特别巨大”、“后果严重”、“后果特别严重”、“情节严重”、“情节特别严重”、“情节恶劣”、“情节特别恶劣”等的认定都还需要司法者通过行使自由裁量权，加以具体判定。而“但书”条款作为立法的规定，其本身就表明了立法者将这一部分的判断权交给了司法者，所以司法者根据“但书”条款再对行为的社会危害性程度作一次判断，从而将“情节显著轻微危害不大”的行为排除在犯罪之外，显然就是对立法者的尊重。相反，如果在立法中已明确规定了“但书”条款的情况下，司法者在司法实践中仍然将其“束之高阁”，并排斥在具体适用之外，这恐怕才是对立法者最大的不尊重。
其次，“但书”条款在司法中的适用符合罪刑法定原则的宗旨。自从罪刑法定原则1997年在我国刑法中确立以来，就一直有学者认为“但书”条款在司法巾的适用会将社会危害性引入司法者对罪与非罪的判断之中，从而有违罪刑法定原则对于形式正义的要求。但笔者认为，这一观点是对“但书”条款的误读，混淆了“但书”条款与社会危害性的区别。其实，“但书”条款与罪刑法定原则的宗旨是一致的。具体而言，社会危害性具有双向功能：如果强调国家利益，着眼于将具有一定程度社会危害性的行为入罪，则社会危害性起着扩大刑法打击范围的功能；而如果强调人权保障，着眼于将未达到一定程度的社会危害性的行为出罪，则社会危害性起着缩小刑法打击面的功能。而根据“但书”条款，其着重强调的是社会危害性未达到一定程度的行为不构成犯罪，即强调的是出罪的方面。因而，“但书”条款实际上是通过对社会危害性的判断，从而达到缩小刑法打击范围、保障人权的功能。而罪刑法定原则从其诞生之日，就是从“不定罪”和“不处罚”的角度提出来的。其基本内容是法无明文规定不为罪，法无明文规定不处罚，其根本精神无疑是“有利于被告人”，而其宗旨则应该是保障公民自由、限制国家刑罚权。由此可见，罪刑法定原则的宗旨与“但书”条款缩小刑法打击范围、保障人权的功能完全一致。如果说罪刑法定原则为缩小刑法打击范围、保障人权作了第一重限定，那么我们完全可以认为，“但书”条款是对缩小刑法打击范围、保障人权作了第二重限定。就此而言，“但书”条款与罪刑法定原则的宗旨不仅完全相符，而且我们还可以将“但书”条款看作是对罪刑法定原则的一种价值增补。
