但是，仍有两个问题需要加以注意：第一，草案中规定了预算中涉及国家秘密的内容不予公开，这就需要对「国家秘密」进行尽可能明确的限定。公共财政不需要保密的就尽量不要保密，不能以国家秘密为由抗衡预算公开。第二，如果人大代表难以理解预算草案的内容，那么普通民众理解起来就更为困难。因此，预算公开的内容应尽量细化到预算案的具体款、项，在写法上应让具有一定文化水平的公众能读懂预算报告，这样才能起到监督政府财政收支的作用。
三、增强预算完整性问题
预算完整原则要求应该列入国家预算的一切财政收支都应反映在预算中，不允许在预算规定范围外还有任何以政府为主体的资金收支活动。现行《预算法》第19条采用列举方式对预算收支进行规定，这会带来两方面消极影响：一者，使大量预算外资金游离于预算管理之外，而根据西方经济学的蒙代尔 弗莱明模型，大量预算外资金的收支会造成消费减少、不利于实现财政宏观经济职能、净出口减少等后果，且此种脱离权力机关审查、监督的资金利用，显然和公共财政的要求相悖。现实中，我国超收收入的使用采用「报告制」，即若需要动用超收收入增加支出，应编制使用方案，由国务院财政部门及时向财经委和预算工作委员会通报情况，而国务院也仅在超收收入安排完后，向全国人大报告。这种「事后报告」的模式，不符合预算法上「先有预算，后有支出」的基本要求。
因此，在修改预算法时，实行预算内外统一的综合预算制度，使预算覆盖政府的全部收支活动，从而真正实现公共财政体制下，通过预算制约政府权力行使的制度目标。从现实可能性看，我国政府通过近二十年的努力，预算外资金的规模不断缩小，其规范性程度也不断提高。在这种背景下，取消预算外收入，实现预算的完整性，「不仅仅是基于法治理想，也已经充分照顾目前的事实」。事实上，在财政部部长谢旭人对全国人大常委会所作关于预算法修正案草案的说明中，即强调要「增强预算的完整性」。
