与会代表就非法证据排除的时间也存在争议，共有庭前排除、庭中排除和庭后排除三种观点。
在庭前排除方面，汪建成教授认为应当在正式审判前设置非法证据排除的程序，可以考虑由立案庭负责。
在庭中排除方面，由于刑事诉讼法修正案(草案)第181条新增了庭前会议制度，中国政法大学教授顾永忠、最高检司改办主任张智辉提出庭前会议制度的功能是帮助法官在正式审判前听取控辩双方的意见，确定法庭调查的重点和范围，提前设计和规划庭审程序，本质上只是一种开庭前的准备工作，因此在庭前会议中法官可以对非法证据进行调查但不能作出实质性处理，非法证据应在庭审中排除。
在庭后排除方面，最高检司改办主任张智辉认为应明确当事人在庭审结束后有无提起排除申请的权利，如果犯罪嫌疑人、被告人在审查起诉、庭前会议和庭审过程中都未提出非法证据排除的申请，那么应限制其在审判结束后作为上诉理由提出。
与会代表就非法证据排除的方式存在争议，人民法院和人民检察院都面临如何明确排除方式的问题。
在人民法院方面，海口中院副院长冯明、廊坊中院刑二庭副庭长徐兵提出人民法院有庭审法官排除、合议庭排除、分管院长排除、审判委员会排除四种方式，排除非法证据的形式有口头排除、裁定排除和判决排除三种形式，法律都应予以明确。
在人民检察院方面，最高检案件管理办公室副处长石献智、宁波市北仑区检察院检察长李钟表示法律也应明确人民检察院在审查起诉时的排除方式，在外部检察机关有直接排除和听证排除两种形式，在内部有公诉人排除、检察长排除、人民监督员排除和检察委员会排除四种方式，法律应予以明确。
关于非法证据排除的证明责任中，有关被告人及其辩护人是否承担证明责任。《非法证据排除规定》和刑事诉讼法修正案(草案)都规定被告人在启动非法证据排除程序时有提供“线索或证据”的义务。汪建成教授认为不应当理解为证明责任，而应理解为犯罪嫌疑人应当提供线索，有权提供证据，谭世贵教授则认为实践中法院实质上承担了一定的证明取证程序合法的责任，该责任应由检察机关承担。
