最后，通过技术侦查措施获得的证据在使用时存在问题。与会代表就《死刑案件证据规定》与刑事诉讼法修正案(草案)中有关技术侦查和秘密侦查的条款进行了讨论，但法院、公安机关和学者就技术侦查措施获得的证据如何使用和转化分歧仍然比较大。
《非法证据排除规定》适用的障碍
其一是审判独立尚未实现。与会代表普遍认为审判独立性不强是造成法官非法证据难以被排除的根本原因。在审判独立的制度保障方面，西安中院副院长杜豫苏、海南高院刑一庭庭长郑兰清都认为现行刑事诉讼结构和法院的弱势地位都造成法官的权威性、主导性不够，审判人员一般都不敢排除非法证据。在审判独立的理念更新方面，四川大学教授龙宗智提出构建司法伦理的问题，清华大学教授张建伟认为应当革除不良的司法习惯而不是作为国情予以承继。
其二是公、检、法三机关之间的关系。根据《非法证据排除规定》第3条，人民检察院在审查批捕、审查起诉时也有义务排除非法证据。但来自检察机关的会议代表反映人民检察院在排除非法证据时也面临很大压力，例如宁波市北仑区检察院检察长李钟提出检察机关是连接公安机关和法院的桥梁，但一方面人民检察院没有监督侦查机关取证行为的渠道、手段和程序，在审查批捕和审查起诉时对是否存在非法取证行为无从而知；另一方面法院上下级之间的汇报制度也使人民检察院在审判过程中处于实质上的弱势地位，最终造成侦查、批捕、公诉之间的断裂。
其三是考核指标与审限压力。来自人民法院的会议代表认为审限是导致法官不愿排除非法证据的另一重要原因。海口中院副院长冯明表示法官在调查量刑证据、附带民事诉讼调解和核实部分证据时花费了大量的时间，审限十分紧张。西安中院副院长杜豫苏也表示中院法官的办案量大、审限时间短，而结案率、审限率作为重要的考核指标客观上打压了法官启动排除程序的积极性。但北京大学教授汪建成表示非法证据排除规则作为新增制度必然要求增大司法投入，否则会面临诉讼效率降低的尴尬境地。
其四是非法证据排除规则的配套制度。来自理论界和实务界的与会代表都不约而同地强调应构建非法证据排除规则的配套制度。在宏观层面，四川大学教授龙宗智提出考虑到中国的基本国情，我们应当加强预防措施以有效遏制非法取证行为的发生，而不仅仅依赖于排除程序；北京师范大学宋英辉教授特别强调应当进一步细化、明确非法证据排除规则的条文规定。在微观层面，公安部法制局局长孙茂利提出公安部门在治理和遏制刑讯逼供方面不遗余力，例如通过场所改造实现休息区和办案区的分离，办案区实行24小时全程录音录像。
