公诉程序主要有两点修改，一是把没有犯罪事实作为法定不起诉的情形之一，两次补充侦查仍然证据不足，人民检察院应当作出不起诉的决定；二是提起公诉须将案件材料、证据材料移送法院。
七、审判程序的调整对公诉职能的行使提出新挑战
新刑诉法将简易程序的适用范围扩大至基层人民法院审理的案件事实清楚、证据充分、被告人认罪的案件，同时为保持合理的诉讼结构，要求检察官在适用简易程序审理的公诉案件中应当一律到庭支持公诉；在一审程序中还增加规定了“与量刑有关的程序”，即“法庭审理过程中，对与定罪、量刑有关的事实、证据都应当进行调查、辩论”。公诉部门应当总结前期量刑程序改革中的相关经验，做好量刑建议、量刑辩论的相关工作；二审程序明确了“应当开庭”的范围，特别是对于被告人一方对一审认定的事实、证据提出异议，可能影响定罪量刑的上诉案件，也应开庭审理，这一变动将增加上级人民检察院出席二审法庭的工作量；对于死刑复核，此次刑事诉讼法修改也强化了最高人民检察院的监督职责，最高人民检察院可以向最高人民法院提出意见，最高人民法院也应当将死刑复核结果通报最高人民检察院，这是死刑复核程序提出的新挑战，最高人民检察院应当继续探索有效表达监督意见、强化监督效果的路径，以更好地履行新法所赋予的职责。此外，新刑事诉讼法还强化了检察机关对再审案件的参与，规定对于开庭审理的再审案件，人民检察院应当派员出庭。
八、加强对执行活动的监督
新刑诉法主要强调了对暂予监外执行以及减刑、假释的监督。就对暂予监外执行的监督而言，以往只有在有关机关作出决定之后，才将暂予监外执行的决定抄送检察机关，这是一种事后的监督方式。此次刑诉法修改加强了监督的力度，要求监狱、看守所提出暂予监外执行的意见的，应当同时抄送人民检察院。人民检察院可以向批准或者决定机关提出书面意见。这就将人民检察院的监督由事后监督扩展到了事中监督。与检察机关对暂予监外执行的监督相同，新刑诉法要求检察机关对减刑、假释进行事中监督，执行机关提起减刑、假释的，应当将建议书副本抄送人民检察院，人民检察院可以向人民法院提出书面意见。
九、特别程序中增加检察机关法律监督的新内容
