这次营业税改增值税试点虽然在很大程度上消除了原来的重复征税，但纳税人的税负却增加了不少，特别是目前的营业税行业多是劳动密集型行业，营业税改为增值税后，由于人力成本无法在进项中抵扣，税基并没有太大的变化，而税率却提高了很多，使得这些行业的税负陡然增加。据上海市2012年预算报告估计，税改试点之后，2012年的营业税将减少56亿元，下降11.9%。但增值税却从2011年的190亿元预计将增加到318亿元，两项相抵，增长72亿元。
物流业则是这次“营改增”试点的最大受害者，根据中国物流与采购联合会今年3月发布的调研报告和政策建议显示，装卸搬运服务和货物运输服务从3%的营业税税率调整为11%的增值税税率，上海物流业企业实际税负大幅增加，少则上涨一倍，多则上涨两倍以上。改征增值税后，交通运输企业可抵扣的项目主要为购置运输工具和燃油、修理费所含的进项税，但对过去购置的运输工具不能进行抵扣，而燃油、修理费等可抵扣进项税的成本在总成本中所占比重不足40%，人力成本、路桥费、房屋租金、保险费等主要成本却均不在抵扣范围内。
劳动密集型企业在营业税改增值税后税收成本大增，但并不能因此否认营业税改增值税的必要性。事实上所有人都得利了：消费者会减免多重征税带来的税负，原来的营业税纳税人和增值税纳税人都增加了交易的选择空间，这都会刺激市场更好的发展。而要解决劳动密集型企业的困难，只能通过降低增值税税率、扩大进项抵扣范围来解决，特别是应该把人力成本等各项真实成本都包括到进项抵扣的范围中来。
小额纳税人制度
除营业税与增值税共存外，我国增值税的另一个严重问题是小规模纳税人制度。
我国增值税法将增值税纳税人按规模分为一般纳税人和小规模纳税人。小企业被划为小规模纳税人，无权抵扣外购项目的进项税额，并且按全部销售额全值征收，目前的税率为3%。这实际上就是一种营业税，完全没有任何增值税的优势，必然导致小规模纳税人的产品会被多重征税。
小规模纳税人的“增值税”之所以被称为增值税，无非是因为小规模纳税人销售给一般纳税人时可以开出增值税发票给一般纳税人用于抵扣。但实际上，这仅有的一点优惠在实际操作中也相当麻烦：现行政策下小规模纳税人自己不能直接开增值税发票，只能到当地税务机关申请。
除重复征税严重之外，小规模纳税人制度还会妨碍一般纳税人与小企业的交易。小规模纳税人都是小企业，其增值税税率是3%，一般纳税人如果选择从小规模纳税人处购买产品，在销售时要按17%或13%的比率纳税，而抵扣只有3%；这大大限制了一般纳税人与小规模纳税人的交易热情。举个例子来说，小规模纳税人A公司将一个产品以不含税价格120万元卖给一般纳税人B公司，再加个3%的增值税，最终含税价格为123.6万元，当B公司再将这个产品卖给最终消费者时，如果要净赚5万元，那么不含税卖出的价格应该是125万元，在销售时再缴纳17%的增值税，税负为21.25万元，但B公司只能抵扣3.6万元。这一过程B公司实际只增值了5万元，却要缴纳17.65万元的税，远远超过了实际应该收取的增值税0.85万元（5万×17%）！
