在1994年税制改革后，我国开始大规模实施增值税制度，此后增值税一直是我国的第一大税种。但这次增值税制度还在相当初步的阶段，当时采用的是生产型增值税，企业购买的固定设备无法抵扣，这些购买固定资产的成本也被当成了增值，因此购买该企业产品的消费者就得为这些固定资产再缴一次增值税，从整个生产环节来看，固定资产就被重复征税了。2008年底，生产型增值税改为了消费型增值税，企业在销售产品时可以把购买固定资产时支付的增值税低扣掉，从而减少重复征税，也降低了消费者的负担。据统计，在2009年，由增值税转型而实现的减税规模就达1385亿元，消除重复征税的效果非常明显。
此外，1994年的增值税还为营业税保留了一个很大的尾巴，物流业、建筑业、邮电通信业、农业、转让商标权、专利权、著作权等都是征收营业税，在劳务领域中也仅对加工、修理和修配行业实行增值税制度。
增值税与营业税并存会使增值税制度的优越性大打折扣，从充分发挥增值税的优势来说，应该把从事商品经营业务和劳务服务并取得收入的企业和个人都纳入增值税的纳税人。把部分行业保留给营业税，不仅会使这些行业产生严重的重复征税，还会影响到增值税在其他行业的实施：首先，这会破坏增值税的抵扣链条，因为营业税纳税人无法抵扣购进应税货物和劳务的增值税进项税额，增值税的抵扣链条就会断裂；其次，一旦增值税纳税人购买营业税纳税人的商品，却无法从营业税纳税人那里取得进项额抵扣凭证，相应的税款无法算作进项成本，这样，实行营业税行业的重复征税又会转移到实行增值税的行业中来。
两税并存导致的重复征税规模非常巨大。杨默如博士依据国家统计局2007年度《投入产出基本流量表》的数据测算，如不考虑小规模纳税人因素，增值税无法在营业税行业得以抵扣的税额为12171亿元，营业税无法在再生产下一环节得以抵扣的税额为2947亿元，这两项税额涉及的产值约为17万亿元。也就是说2007年约有1.5万亿元规模的货物和劳务税是在中间环节缴纳且无法进入下一环节抵扣的，这大体是当年国内流转税重复征税的规模。2007年，我国的GDP约为25万亿元，税收总额（未考虑出口退税和关税）约为4.94万亿元，从这些数据来看，增值税与营业税两税并征导致的增值税链条断裂的影响，无论是从GDP来看，还是从税收收入总额来看，都是非常显著的。
消除商品流转过程中的重复征税已迫在眉睫，酝酿多年的营业税改征增值税也开始正式试点。2011年11月，财政部和国家税务总局发布《营业税改征增值税试点方案》，决定从2012年元旦开始先在上海对交通运输业、部分现代服务业等生产性服务业开展试点。这次试点方案在现行增值税17%标准税率和13%低税率基础上，临时新增11%和6%两档低税率，其中租赁有形动产等适用17%税率，交通运输业、建筑业等适用11%税率，其他部分现代服务业适用6%的税率。
