5．因设立平政院之故，尚须设一种权限争议裁判所之机关。因设立平政院所有行政诉讼均归平政院管辖，而关于私法上之诉讼均属普通法院管辖，既有此两种行使裁判机关，于是遇有诉讼性质不甚明了之点，非生权限争议不可，欲谋救济之法，不得不添设一种权限争议之裁判所。
6．所谓司法者系以一种抽象的法规解释具体的事实之谓也，普通如民刑诉讼系个人与个人间之争议，有司法者以为之裁判，所以保障人民之权利，至于行政诉讼系官吏与人民间之争议，仍由司法官为之判断，其目的亦在保护公法，夫安得谓之不属于司法之范围也。[23]
辩论结束后以主张另设平政院进行表决，赞成者149人；以草案原案付诸表决，赞成者371人，超过出席三分之二数358人。[24]原案获得通过。
草案完成审议后，即就草案开始二读，二读会针对的是“审议会无结果之条文及未经审议会认为大体讨论之条文，有原案修正案，同被否决认为宪法内不可废弃之问题。”[25]因就草案86条各议员提出多条修正案，故1917年4月4日及6日宪法会议第四十一及四十二次会议就该条进行二读审议。
就第86条各议员先后共提出修正案七项，分别为：(1)由议员贾庸熙提出，万钧、王双歧等22人连署的修正案，建议删除“行政”二字，并增加一条：“平政院之编制及其官吏资格别以法律定之。”(2)议员黄云鹏提出，骆继汉、周择等39人连署的修正案，建议修改原案为“法院依法律审理民事及刑事诉讼，但关于行政并其他特别诉讼以法律定之。”(3)议员骆继汉、钟才宏提出，刘恩格、欧阳成等24人连署的修正案，建议删除“行政”二字；(4)议员范熙壬、蒋凤梧等40人提出，曾铭、王振垚等117人连署的修正案，建议修改原案为“法院依法律受理民事、刑事及其他诉讼，得行政诉讼及法定特别审判事项不在此限。”；(5)议员苏毓芳提出，孙润宇、黄赞元等19人连署的修正案，建议修改原案为“法院依法律受理民事、刑事各诉讼，但行政诉讼及其他特别诉讼别以法律定之。”(6)议员陶保晋提出，吴渊、杨润等31人连署的修正案，建议修改原案为“法院依法律受理民事、刑事及其他诉讼，但行政及特别诉讼别以法律定之。”(7)议员李克明、耿臻顕提出，狄楼海、鄂博噶台等25人连署的修正案，建议删除“行政”二字。
审议过程中，各提出修正案的议员先后说明其修正案之理由，随即各议员对是否设立平政院这一问题再次展开辩论。陈家鼎、马骧、何雯支持草案原案，而刘恩格、王谢家则支持修正案。各修正案及刘恩格等反对原案，要求设立特别行政裁判机关的主要理由包括：
1．三权分立为立宪国家之真精神，不惟行政权不宜侵入司法，即司法权亦不宜拦入行政。今若以行政范围之争议而受普通法院之制裁，即强指为司法未尝钳制行政，然按之三权分立之原则，已受无形之侵犯。[26]
2.法治立国首尚法律平等，但平等云者，宜就诉讼之性质而言，不宜就个人之身分而言。个人自身触犯刑法，无论何人均应受司法之制裁，若行政机关非个人身分之比，因行使其行政权过当致人民受其损害，其起诉性质又与刑民不同。且行政裁判所以防闲行政权之滥用，非所以保障行政官之体面也，又何有不平等之问题发生。[27]平等不平等乃法律上之问题，比如行政诉讼法对于官吏与人民之待遇有不平等之条文，于官吏从宽，于人民从苛，乃可谓为不平等。行政诉讼既无阶级之区别，而为同一之法规何以用之于普通法院即为平等，用之于特别裁判机关即为不平等。宁有是理乎？且人民与行政机关所起之诉讼，人民为原告，行政机关乃处于被告地位，裁判官应用同一法规行使裁判，断不能对于原告用一种法规，对于被告另用一种法规。故谓法律不平等一层殊为过虑。[28]夫所谓行政诉讼者，系行政机关对于人民权利上一种行政处分，非官吏个人于人民个人之权利有何种之损害也。人民之权利既因行政机关之作用而有损害，则以特别机关审判行政机关，法律上又何有不平等之可言。[29]
3．行政裁判视海陆军裁判其性质虽迥不相同，然为一种之特别诉讼而不能与普通诉讼视为一例，则为世界法学家所公认。既属特别诉讼，即须定特别法规，既定特别法规，即须设特别法院，而后独立裁判之精神乃能保存。若今以特别诉讼附于普通法院，推而极之，则凡海陆军事及其他情形特别之诉讼，无不可以普通法院行其职权，兼容并包非为法律不许，即事实上已有所不能。[30]
4．临时约法规定，人民有陈诉于平政院之权。数年以来，人民对此机关渐知，恃为保障，官吏对于此种机关，亦渐知不容违犯。今若改归普通法院，性质既不明了，权限又复含混。且以现有之独立机关而并入其他机关一部之内，对于人民权利又无形而缩小其范围。[31]
