刘恩格等主张设立平政院反对草案规定行政诉讼隶属普通法院管辖的主要理由包括：
1．我国自民国成立以来司法虽云独立，而实未能达到目的，前清之时更可不论，虽曰三权分峙，而行政部实握有最强之势力。现在法院大概多受行政官之掣肘，而行政官所操势力又最强，若行政裁判亦属诸法院，一定不能得其公平；[15]
2．官吏以私人之资格构成民事刑事诉讼，当然应受法院之裁判，而官署对于人民之行政处分，换言之即所谓行政法之解释，若以行政法之解释亦须由法院兼顾，则深恐其力有未逮，盖行政机关系异常复杂，非深悉其理之人必不济事，今之法院人才，解释法律已属不易，若再使之兼理行政诉讼定必兼顾不暇。[16]在大陆各国所以设立此平政院者，虽以三权分立为原则，而以审判官之智识对于行政方面不能了然，是以有此平政院之机关，实亦其一原因也。其官吏之资格与普通司法官吏不同，是可知大陆各国设立之原意。现在吾国司法官吏之智识恐在于司法方面有余裕而行政方面未见其明了也。所以有此行政诉讼发生，而由司法官吏受理实恐于行政权上受种种不利之影响。[17]
3．英美派国情，司法先行政而发生，所以惟恐行政权侵及司法，关于行政诉讼不能不归入司法。大陆派则司法由行政所发生，即行政先于司法，所以行政诉讼不能归司法机关管辖。吾国向来只有行政而无司法，自前清末季预备立宪方有筹备司法独立之事，如此观察是司法实由行政方面发生，与大陆派相同而与英美派有异。[18]
4．私人资格构成刑事民事诉讼，亦归平政院审理，自系有阶级之嫌，现在所谓行政裁判者，不过系解释行政法之关系，换言之，并非官吏对于人民之关系，实系官署对于人民之行政处分之关系，此种事实亦归纳于法院之中，实属困难之至。在法院普通原则，原被告皆应受其裁判，然行政诉讼俱系公务上之关系，即使连带民刑问题，虽经提起诉讼，尚须审查其是否合法，若不合法，则当然应再受普通之审判，可见并无不平等之嫌。[19]
5．为维持司法之尊严，而行政诉讼即不能归司法机关管辖。盖所谓司法独立者，实为立宪国之通例，今欲行政诉讼归入之，恐司法方面受行政上种种方法破坏之结果，因之独立有所摇动。[20]
6．各国于普通诉讼外有所谓军事诉讼、商事诉讼、海事诉讼、工业诉讼，各国既于普通诉讼外复有此种种诉讼机关，岂不有妨于司法独立乎？然而各国竟行之而不足为怪，可见其无妨碍于司法之独立也明甚。既然军事诉讼等种种独立于司法之外而无妨碍于司法，则行政诉讼易不可以独立于司法之外耶？[21]
王绍鏊等反对设立平政院支持普通司法机关管辖行政诉讼的主要理由包括：
1．平政院创自法国，法国之行政诉讼权所以归诸平政院者，盖法国之司法专制达于极点，一般人士群思减杀其势力，而谋行政之独立，既欲使行政独立则行政诉讼权乌可仍操之于司法机关，于是遂有平政院之设置。反观我国之历史，则向来司法权属于行政权势力范围之内，今之所希望者，惟在使司法权脱离行政势力而谋司法独立，奚可再赋行政机关有行政诉讼之大权。且法国之设平政院意在革除人民受司法机关之痛苦，我国人民所受之痛苦则不在于司法机关而在行政机关，与法国成反比。
2．德国十九世纪以前旧帝国时代并无所谓行政诉讼之特别机关，洎乎帝国灭亡，联邦诸侯蜂起独立，各为扩张势力计，各种机关咸为其所破坏。即思各种机关破坏于人民之权利侵害滋多，欲求一救济之方，国内争执甚为激烈，一派为平民派，主张行政诉讼不能独立为一机关，一派为贵族派，乃受各诸侯之委托主张行政诉讼别设一机关。一千八百四十八年宪法虽规定不设特别机关，然各联邦国势力雄厚，对此置之不理，各邦尤自行设立平政院。比及一千八百六十三年各邦鉴于无中央之总机关，危险万状，遂复议设德意志帝国之平政院。此系平民政治失败、贵族获胜所得之结果。我国既非联邦又不主张贵族，自无设立平政院之必要。
3.吾国向来系专制国家，人民对于官吏甚为畏惧，几成一种中国特别之民情。夫中国特别之民情既然怕官，所以行政官吏有损害人民权利之处分，人民即视为当然，夫既视为当然，所以不敢违抗。现在所以欲将行政诉讼归入法院受理，其要点即在可以启发一般人民之思想，使其明了官吏损害人民权利之处分，亦与普通诉讼相同，可以诉之法院。如欲特设一种机关，则人民习惯上向不知平政院之受理如何情形，所以偶遇官吏有损害于人民之权利者，而人民因之即不敢往特设之行政诉讼机关起诉。
4．平政院管辖行政诉讼事件，其与行政部之关系未免密切，其关系既然密切，如有因官吏损害人民之权利而起之行政诉讼，则平政院对此未免有袒护行政官吏之嫌。因此欲保护人民之自由权利，而设此机关者转不能得其公平，而显与目的相违反。如归普通司法衙门受理，则法官因宪法上有特别之保护，且与行政部关系薄弱，所以对于行政官吏即无所畏惧，亦不致有所袒护，而后能以冷静之脑筋公平之眼光加之以判断。[22]
