作为一个新建立的国际司法机构，对于可管辖罪行情势的了解，材料的收集调查、司法措施的执行等方面均有致命的缺陷，安理会作为最重要国际组织的主要机构，不仅有着强大的政治优势和有效的手段，而且经过长期实践，已经拥有了丰富的经验。国际刑事法院管辖权的行使在很大程度上依赖于联合国安理会的协助。2005年3月31日，联合国安理会根据《联合国宪章》第7章的规定向检察官办公室提交了苏丹达尔富尔地区发生的情势，检察官于2005年6月5日宣布在达尔富尔地区展开调查[5]。从实践来看，安理会的配合与协助对国际刑事法院管辖权的运行起到了至关重要的作用。
三、国际刑事法院管辖权与安理会职权的相互制约与冲突
国际刑事法院司法职能与安理会政治职能目的上的一致，使得国际刑事法院管辖权与安理会职权具有相容性，但由于两种权力的独立性，它们之间的冲突在理论和事实上仍然具有可能，《罗马规约》作为妥协性的规定，不可能调和二者之间的冲突。一方面联合国安理会在一定范围内对国际刑事法院的管辖权构成限制，此种限制权对国际刑事法院的司法独立价值必然减损。另一方面，国际刑事法院管辖权在某些领域的独立行使，也必然造成涉及和平事项的平行处理权的事实，从而对安理会的最终认定权发生冲突。
（一）安理会职权对国际刑事法院管辖权的限制
首先，安理会对侵略罪最终认定权对国际刑事法院管辖权的独立性构成影响。国际法委员会制定的草案，是要求国际刑事法院对侵略行为行使管辖权之前，安理会应先做出侵略行为构成的认定，这种意见被许多人认为是司法制度加入了政治性因素[6]。因而没有得以采纳。《罗马规约》最终将侵略罪列入了国际刑事法院的管辖权范围。但是《罗马规约》不可能消除安理会在侵略罪认定问题对国际刑事法院的影响，规约第5条尽管规定了“在依照121条和123条制定条款，界定侵略罪的定义，及规定本法院对这一犯罪行使管辖权的条件后，本法院即对侵略罪行使管辖权”，不过同时又规定了“应符合《联合国宪章》的有关规定”。根据《联合国规约》第39条的规定，“安理会应断定任何和平之威胁、和平之破坏、或侵略行为之是否存在”，事实上，上述规定就隐含了安理会对侵略罪认定上的先决权。此种前提性条件的规定显然与国际刑事法院的独立地位是冲突的。
其次，安理会情势提交权对国际刑事法院独立性也产生一定的影响。《罗马规约》第13条规定，“安全理事会根据《联合国宪章》第7章行事，向检察官提交显示一项或多项犯罪已经发生的情势”。尽管国际刑事法院的启动机制并不限于安理会提交情势一条途径，安理会的提交权，只是一个大概的事实或情形，并不是一个确定的案件，国际刑事法院是否受理，仍然具有自由裁量权。但许多人认为赋予安理会启动国际刑事法院的权力可能损害到国际刑事法院的独立性，而且可能带来不公平。因为此种机制带有政治因素，一方面对于常任理事国而言，可以使用自己的特权否决任何可能损害到他们利益的移交。另一方面，可能以提交情势报告为施加政治压力的工具，迫使某些国家接受一定的条件与之合作或不适当地提交情势报告。有学者指出，赋予安理会移交案件的权力，一会更多地约束国际刑事法院，二是意味着安理会成员国不打算参加国际刑事法院，不愿意接受国际刑事法院规约的约束，但却想拥有提交案件的特权，因而只能给国际刑事法院带来消极的影响[4]210。此种消极影响可能导致一些国家对国际刑事法院行使管辖权采取不配合的态度。在联合国安理会提交的苏丹达尔富尔情势一案中，苏丹政府基于安理会决议对本国产生不利影响的考察，就以非缔约国为由对联合国安理会决议采取拒绝的态度，并通过启动本国刑事司法程序来抵制国际刑事法院的管辖权。
