上述主张在国际刑事法院的建立过程中，一度影响极大，其中涉及到国际刑事法院的建立方式，一些国家、学者就提出过以联合国安全理事会决议的方式建立国际刑事法院的建议[1]77。这些建议显然是把国际刑事法院纳入联合国的体系，强调安理会的主导作用。关于国际刑事法院与安理会的职权，联合国国际法委员会起草的《国际刑事法院规约草案》第23条强调了安理会的作用。该条规定：（1）安理会可以按照《联合国宪章》第7章将某种事项或情势提交法院；（2）除非安理会首先断定某一国的行为构成对和平的威胁或破坏或侵略行为，否则不得提出对某一侵略行为或某一侵略行为直接有关的指控；（3）如果没有安理会的决定，国际刑事法院不得开始对安理会正在根据《联合国宪章》第7章为威胁或破坏和平及侵略行为进行处理的事项或情势的起诉。显然，依该条规定，安理会具有优先地位。尤其是涉及到侵略行为的认定及其处理等问题时，国际刑事法院的管辖权应当与安理会的职权协调。在一定程度上，安理会对国际刑事法院行使管辖权具有“否决权”。
另一派认为，国际刑事法院应具有独立性，安理会的权力不应干涉国际刑事法院的管辖。联合国安理会的特权作为特定时代的产物，有其合理性，但因其“大国政治”的特色一直为中小国家不满。冷战结束后，改革联合国体制限制安理会职权的呼声更趋高涨，这种呼声在国际刑事法院建立的讨论中自然也不会例外，很多国家主张国际刑事法院应建立在一个多边条约的基础之上，国际刑事法院不同于前南法庭、卢旺达法庭，也不同于国际法院，它是独立于联合国体系的司法机构，涉及到国际刑事法院与联合国安理会的关系，应当尽量减少安理会的影响，确保国际刑事法院的独立性。国际法委员会制定的《国际刑事法院规约草案》给予安理会以优势权力将会使国际刑事法院受到安理会政治影响的制约，并将损害法院的司法独立性和公正性[2]。例如印度就有过将安理会完全排斥在国际刑事法院之外的意图，曾提出一项修正案，要求删除《国际刑事法院规约草案》中所有有关授予安理会权力的条款。尽管《罗马规约》最终采取了折衷方案，仅授予安理会有限的权力，但仍被印度视为不可接受[3]。即便是西方国家并身为安理会常任理事国的英国和法国在最后阶段也站在了削弱安理会对国际刑事法院权力的立场上。
关于国际刑事法院管辖权与联合国安理会职权关系的激烈争论，导致《罗马规约》采取了妥协性的规定。《罗马规约》序言明确：“设立一个独立的常设国际刑事法院，与联合国系统建立关系，对整个国际社会关注的最严重犯罪具有管辖权”，该项规定明确了国际刑事法院的基本法律地位，涉及到国际刑事法院的管辖权与安理会职权的具体关系，则废弃了国际法委员会《国际刑事法院规约草案》第23条第2款、第3款的提法，在第5条、第13条、第16条条款中分别作出了别具特色的规定。《罗马规约》第5条规定：涉及到法院管辖的犯罪，本法院管辖的犯罪具体包括“灭绝种族罪”、“危害人类罪”、“战争罪”、“侵略罪”。“在依照第121条和第123条制定条款，界定侵略罪的定义，及规定本法院对这一犯罪行使管辖权的条件后，本法院即对侵略罪行行使管辖权。这一条款应符合《联合国宪章》有关规定”；涉及到管辖权的启动，《罗马规约》第13条规定了缔约国、安理会、检察官三种启动方式，其中第2项规定“安全理事会根据《联合国宪章》第7章行事，向检察官提交显示一项或多项犯罪已经发生的情势”。涉及到安理会对国际刑事法院管辖权的限制，则规定了安理会的推迟调查或起诉权，《罗马规约》第16条规定：“如果安全理事会根据《联合国宪章》第7章通过决议，向本法院提出要求，在其后12个月内，本法院不得根据本规约开始或进行调查或起诉，安全理事会可以根据同样条件延长该项请求。”从相关条款的制定过程以及条款内涵综合分析，国际刑事法院管辖权与联合国安理会的职权是一种平等协作的关系，但又有相互的限制与冲突。
