事实上，在知识产权被不断扩张、强化的知识经济条件下，知识产权“保护范围”标准的缺陷远不止此，即使知识产权人的权利行使没有超过自身权利的范围，同样也有可能对市场竞争造成不应有的、过度的或实质性的损害，此时，反垄断法同样应予以有效的控制。如知识产权人为封锁市场，拒绝将自己已形成事实标准的知识产权许可其他竞争者使用，该拒绝行为本身是对自己知识产权的-种处分方式，并未超出知识产权法的保护范围，但却导致市场封锁，形成垄断，严重危害市场竞争，反垄断法显然应当予以控制。因此，控制知识产权垄断应适用“竞争损害”标准而非知识产权“保护范围”标准。而现时的客观情况是：知识产权法所提供的知识产权“保护范围”标准，显然无法真正解决知识产权垄断对竞争的损害问题，而产生并发展于工业经济时代的反垄断法尚无直接针对知识产权垄断的“竞争损害标准”，从而导致实践中法律适用的严重困难，直接影响控制知识产权垄断的效果。
2.因欠缺具体的评估方法所引发的难题
由于垄断的认定极具难度和复杂性，因而垄断的评估方法在垄断的认定中扮演重要角色。现有反垄断法针对认定不同形式垄断的需要确立了一系列垄断评估方法。例如：关于企业结合中的垄断认定问题，采用界定相关市场、确定市场份额、分析市场进入障碍、测定可能产生的反竞争结果、认定可能产生的效率等五步分析法；[38]关于滥用市场支配地位中垄断的认定，首先要界定包括产品市场、地理市场、时间市场在内的相关市场，其次分析企业在该相关市场上的市场份额及其他影响垄断力的因素，最后确定企业在相关市场上的支配能力。[39]而这一系列分析方法均是针对工业经济条件下市场交易中的产品或服务构建的，并未涉及对知识产权这一无形财产权的考虑。
在知识产权领域的垄断认定中，不仅涉及知识产权产品或知识产权服务所形成的垄断，而且知识产权本身作为无形财产也能许可、转让，进行交易，也有可能在市场上形成严重危害竞争的垄断。知识产权的无形性、专有性、以及价值评估中机会成本的不确定性，使得知识产权具有不同于一般有形产品的特殊的价格机制，从而使知识产权交易中的垄断认定变得更加复杂，更有难度。而现有反垄断法的垄断评估方法中既没有针对不同于一般产品或服务的知识产权产品或服务的规则，也没有针对知识产权本身交易的规则，导致对知识产权垄断的认定极为困难。对此，反垄断法和知识产权法都很发达的美国，面对实践中法律适用的困难，尝试为知识产权垄断确立新的评估方法。美国司法部和联邦贸易委员会在1995年联合颁布的《知识产权许可的反托拉斯指南》[40]（以下简称《指南》）中详细规定了针对知识产权领域，特别是知识产权许可中垄断的分析与判断规则，引入“产品市场”、“技术市场”、“创新市场”的分析框架，试图建立针对知识产权许可中垄断行为的评估方法。这里的“产品市场”，是指由同类知识产权产品或具有替代关系的知识产权产品所形成的市场。在产品市场上，知识产权许可既有可能影响使用许可技术生产的中间产品或最终产品市场上的竞争，又有可能影响使用许可技术所用的原材料产品市场上的竞争。技术市场，是指由许可标的技术和可以相互替代的现有同类技术之间相互竞争所构成的市场。用以评估许可合同是否会影响具有替代关系的技术之间的竞争。创新市场，是指企业之间就某一领域中未来新技术或新产品的研究开发进行竞争所形成的市场。
其中，《指南》引入“创新市场”这一新概念，主要用于判断许可合同是否会带来明显减少用于研究开发的投资的影响。一项许可合同即使不会对产品市场和技术市场带来不利的影响，但是如果会影响对研究开发进行投资的积极性，也会受到反托拉斯部门的关注。[41]这种针对知识产权垄断评估方法所做的努力是值得肯定的，然而，且不说这种评估方法本身尚处在探索阶段，存在诸多缺陷，就连美国的该《指南》也只是反托拉斯执法部门的咨询性政策说明文件，既不能约束就知识产权垄断提起自诉的当事人，也不能约束审理知识产权垄断案件的法官，不具有反垄断法上的强制约束力，难以在实践中发挥应有的作用。
3.因欠缺针对性的制裁措施所引发的难题
现有反垄断法针对工业经济条件下垄断的特点规定了内容丰富、形式多样的制裁措施。如解割大企业、发布禁止令、宣布合同无效、责令损害赔偿，处以罚款，判处监禁等。这些措施虽然对制裁知识产权垄断同样具有价值，但仅有这些尚不能完全适应解决知识产权垄断的需要，因为这些措施未能体现知识产权领域中出现的新型垄断的特点，欠缺针对性，影响对知识产权垄断的治理效果。一些对知识产权垄断行之有效的制裁方法，如责令知识产权垄断者向竞争者提供知识产权许可、责令权利人公开因拒绝交易而导致市场封锁的软件源代码、责令权利人开放服务于兼容的应用程序接口等，都未能在反垄断法的制裁体系中予以体现，导致实践中执法者和司法者适用这些措施时受到“于法无据”的困扰。对于英美等判例法国家来说，它们可以通过确立新判例的方法适用新的制裁措施，推动反垄断法的发展；而对于采用成文法的大陆法系国家来说，则必须依赖立法的完善、制度的补充来实现对新问题的解决。
（二）因将现有反垄断法规则类推适用于知识产权垄断而引发的法律适用难题
1.关于知识产权的市场支配力推定问题
知识产权的市场支配力推定是指在处理知识产权与市场支配力关系的问题上，依据知识产权人所拥有的知识产权直接推定或假定权利人拥有反垄断法上所要求的市场支配地位，因而将其作为反垄断法所要审查的对象予以处理。这种推定主要适用于知识产权垄断中的许可限制。
有关知识产权许可限制中的诸多垄断行为，对市场竞争危害严重，需要予以反垄断法规制。在现有反垄断法制度体系中没有针对此类行为的专门规则的情况下，人们类推将其纳入现有反垄断法所确立的市场支配力滥用的制度规则中予以规制。这需要解决一个法律适用依据问题，即确定知识产权与市场支配力的关系[42]。对此，人们进行了长期艰难的探索，至今未能找到满意的答案。最初采用“有知识产权即推定有市场支配力”的判断，但导致对知识产权垄断控制过于严厉而损害创新的后果，并因此受到诸多的质疑和批评。这是因为，拥有市场支配力是提起滥用市场支配地位这类反垄断诉讼的先决条件。推定一切知识产权都会形成导致垄断的市场支配力，无形中给每个知识产权人强加了反垄断法上的义务，这无疑会增加反垄断诉讼的数量，也必然增加知识产权人的经营成本和诉讼负担，甚至会逐渐削弱知识产权授权的原始理论基础，损害知识产权制度激励创新的价值与功能。经过长期的争论与探索之后，人们开始放弃由知识产权直接推定市场支配力的做法，转而采用“有知识产权不能推定有市场支配力”的判断，又造成对知识产权垄断控制不力，损害竞争的后果。因为知识产权使其持有人能够凭借高于边际成本[43]的价格的方式，来收回创新的综合成本，提升其市场竞争力或市场控制力。否认市场支配力的推定，给了知识产权人更大的自由，不当地增加了知识产权保护的社会成本，加重了知识产权反垄断诉讼中原告的举证责任，制约知识产权垄断受害人对知识产权垄断的指控或审查，使危害竞争的知识产权垄断难以得到控制。同时还会产生另一个意想不到的消极后果，即这种否认市场支配力的“反向推定”，一方面为知识产权人创设了一个不受反垄断法追究的安全区，顺理成章地将证明存在市场支配力的责任转移给了原告；另一方面，法院仍可能在已证明市场支配力存在的案件中，以存在其他特殊情况（如有知识产权）为由，判决垄断不成立。这种情况势必导致对竞争的损害，同样受到了一些学者的质疑和批评。最近又有人主张知识产权与市场支配力不必然有关，也并非绝对无关。[44]而这种不具有确定性的结论又难以指导执法或司法实践。笔者认为，这种困惑表明，将知识产权许可限制套入原有反垄断法的市场支配力滥用制度本身就是不科学的，在原本并无确定关系的知识产权与市场支配力之间，硬要找到一种确定关系，显然是困难的。既然知识产权与市场支配力之间并无必然的因果关系，甚至难以找出某种确定的关系，那么，直接套用市场支配力滥用的制度规则来解决知识产权垄断问题，显然是无法实现的。这种类推适用现有规则尚不足以解决问题的状况表明，知识产权许可限制需要有专门的新规则予以规制。
