《决定》第7条第2款规定：“人民法院和司法行政部门不得设立鉴定机构。”“如果司法行政部门仍然保留或者可以设立鉴定机构，不仅不利于司法行政部门对鉴定人和鉴定机构的登记管理工作，也会影响司法行政部门登记管理工作的中立性和公正性。”{3}(P.22）司法鉴定机构属于依申请而经司法行政部门审查后登记许可的“法人或者其他组织”，如果司法行政部门设立鉴定机构，其设立的鉴定机构往往因与司法鉴定管理部门存在“血缘关系”可能受到特殊的“待遇”，从司法鉴定管理作为行政许可管理的角度来看，禁止其设立鉴定机构也是有正当性的。但因在《决定》实施后司法部司法鉴定研究所的司法鉴定中心因未被撤销，受到了同被《决定》禁止设立鉴定机构的人民法院的质疑和回应。[18]
由于《决定》仅仅授权国务院司法行政部门“主管”“法医类鉴定、物证类鉴定和声像类鉴定”（以下简称“三类”内鉴定）的鉴定人和鉴定机构，“根据诉讼需要由国务院司法行政部门商最高人民法院、最高人民检察院确定的其他应当对鉴定人和鉴定机构实现登记管理的鉴定事项。”然而，在诉讼中存在大量的“三类”外鉴定问题需要通过司法行政部门“商”最高人民法院、最高人民检察院后增加到登记管理的范围内。其现实中“商”的程序是难以运行的，其规定仅具有宣言性的意义。[19]然而，司法行政部门在“商”之未果的情况下，便对“三类”外鉴定进行了登记管理，其登记管理权的合法性成为一个悬而未决的待证命题，司法鉴定登记管理处在带病工作的状态。同时，有些司法鉴定的登记管理存在错位的问题，如有些司法行政部门将社会鉴定机构视为自己行政管理的隶属机构，许可登记管理演变为类似的内部机构的上下级之间的行政管理。[20]另外，未有任何法律依据的新的鉴定机构又被其他行政机关授权设立。如涉及诉讼的扣押追缴没收及收缴财务价格鉴定由各级政府价格部门设立的“价格认证中心”进行。[21]
《决定》实施4年来，司法鉴定体制因权力与利益重新配置的彼此消长，影响了统一司法鉴定管理体制的建立，其改革在职权部门的折冲樽俎下陷入了治丝溢棼的困境，改革后的实践也严重背离了改革的初衷。为了促进“统一的司法鉴定管理体制”的尽快形成，中央政法委于2008年1月下发文件，[22]要求侦查机关所属鉴定机构和鉴定人接受司法行政部门的备案登记。2008年12月最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部和司法部联合下发《关于做好司法鉴定机构和司法鉴定人备案登记工作的通知》（司发通[2008]165号）。司法鉴定制度的改革能否因侦查机关内设立鉴定机构和鉴定人备案登记走出困境，仍是一个值得怀疑的问题。
三、路径与设想：我国司法鉴定制度改革路径的架构
我国司法制度、诉讼制度下自然生成的司法鉴定制度的改革，需要加人一些外植性因素，更需要将这些外植性因素如何与鉴定结论作为证据的本质结合起来，并通过司法鉴定制度的建设来保障鉴定结论在诉讼中具有可靠性和可信性，起到保障发现真实的目的。其中，借鉴、效尤或者参考国外法治发达国家的有关规定与做法仅应作为一种手段，司法鉴定制度改革本身也是一种措施，其目的还是促进和保障鉴定结论可靠性和可信性。司法鉴定制度的改革应当围绕鉴定结论的可靠性和可信性这一目标展开，并以此作为司法鉴定制度改革的路径依赖，为实现这一目标不断完善与之相关的制度建设。
（一）鉴定结论的可靠性制度建设
鉴定结论的可靠与否涉及到众多因素，其中，关键性因素为鉴定人是否具备鉴定的能力（专家资格）、鉴定活动本身是否科学、有效（鉴定仪器设备以及鉴定方法在科学上有无适格性）。这些问题，一方面需要对“人”（鉴定人）“机”（鉴定实验室）、“法”（鉴定方法）等进行相关制度建设，从积极的层面建设保障和维护鉴定结论可靠性的管理制度；另一方面获得鉴定人出庭作证以及专家辅助人协助当事人询问鉴定人等相关诉讼制度、证据制度的支持与维护，从消极的层面使鉴定结论可靠性在抵御反驳的程序得到增强。
保障鉴定结论可靠性的制度建设重点是从“人”、“机”、“法”的管理制度上来保障，即鉴定人是具有专门知识的专家，鉴定技术稳健，操作规则规范，鉴定程序正当，鉴定原理和方法科学，仪器设备适格，实验室环境适宜等。一是鉴定人应当具有专家资格，其资格认定的条件不仅要有法律的规定，并且应当经过专家审查，确实保障作为普通人的法官让渡给作为专家的鉴定人在专门性问题上具有足够的鉴定能力。实行严格的鉴定人资格审查登记管理制度。然而，《决定》所规定的鉴定人“相关”专业和经历作为专家的资格条件，使鉴定人的专家性大打折扣；其鉴定管理制度仅仅限定在登记管理，也难以保障司法鉴定管理的有效性。在此方面需要修正《决定》的相关规定。
