（二）人民法院对司法鉴定机构和鉴定人的名册登记管理问题
《决定》第3条规定，“人民法院和司法行政部门不得设立鉴定机构。”人民法院在司法鉴定制度改革中因其中立性的要求被《决定》禁止设立鉴定机构。尽管人民法院设立隶属于自己的鉴定机构有利于其及时处理案件，也有利于指派自己的鉴定机构进行鉴定而提高“审判效率”，但是，《决定》却没有对其审判“工作效率”予以充分考虑。其主要原因为：(1)人民法院在诉讼中拥有鉴定与否的决定权，如果自己设立鉴定机构，在启动鉴定程序选择鉴定机构时，极易于选择所属的鉴定机构。人民法院自设的鉴定机构也会在鉴定机构的选择上处于强势地位，法院有垄断鉴定资源的可能，[15]同时，也会使其他鉴定机构丧失公平选择的机会，从而损害法院在审判活动中的公正形象。(2）如果一个案件存在不同的几个鉴定结论，法院则会盲目信赖自己鉴定机构提供的鉴定结论，致使法官对法院鉴定机构的鉴定结论不加审查而径直采纳，影响法庭对鉴定结论质证的实质化，最终使鉴定结论的可靠性难以保障。《决定》禁止法院设立鉴定机构是具有正当性的。
最高人民法院在《决定》实施后，于2007年颁布了《最高人民法院技术咨询、技术审核工作管理规定》和《最高人民法院对外委托、评估、拍卖等工作管理规定》。但因《最高人民法院对外委托、评估、拍卖等工作管理规定》第42条规定的“法医、物证、声像资料三类鉴定的专业机构从司法行政部门编制的名册中选录编制。其他类别的专业机构、专家名册由相关行业协会或主管部门推荐，按照公平、公开、择优的原则选录编制。”致使部分省高级人民法院和中级人民法院发布公告统一编制辖区内法院系统的司法鉴定机构和鉴定人名册。在司法鉴定机构和鉴定人的登记管理上出现了人民法院与司法行政部门的重复性登记管理，《决定》实施前存在司法鉴定登记管理的“册中册”再度重演。
人民法院与司法行政部门重复对司法鉴定机构和鉴定人登记管理存在以下问题：一是人民法院对法医、物证和声像资料专业机构从司法行政部门编制的名册中择优编制，势必造成名册内的鉴定机构与名册外的鉴定机构和鉴定人在诉讼中享有不同的“待遇”。因为鉴定机构是否纳入人民法院的名册，决定他们的生死存亡，实质上名册外的鉴定机构相当于被人民法院“吊销了营业执照”，其名册管理也就具有了对鉴定机构更高一级管理的属性。因为它比司法行政部门的登记管理更具有实质性意义。司法行政部门的登记管理仅仅具有形式上意义，成为纯粹的“登记部门”，人民法院则成为“管理登记”部门，这与《决定》规定“国务院司法行政部门主管全国鉴定人和鉴定机构的登记管理工作。省级人民政府司法行政部门依照本决定的规定，负责对鉴定人和鉴定机构的登记、名册编制和公告”不相符合，并引起地方人大常委会的疑惑，2008年全国人民代表大会常务委员会法制工作委员会对黑龙江省人大常委会的“对如何处理省高级人民法院制定的规范性文件的意见”则是典型的例证。[16]
二是人民法院选录编制的鉴定机构名册，被当事人选择后，一旦鉴定结论出现错误，因是人民法院推荐的鉴定机构，必然会遭到当事人一方的对人民法院中立性的怀疑，影响人民法院的公正性。如果编制名册的背后存在的利益问题，更会使法院的公正出现倾斜，甚至扭曲诉讼追求的“公正”价值。人民法院对鉴定机构实行名册管理有可能会使对鉴定机构和鉴定人的管理倒退到《决定》前的混乱状态，[17]不仅导致鉴定资源使用上的重复和浪费，加重当事人的负担，“加剧……多头鉴定、重复鉴定，出现案件因鉴定工作不顺畅而久拖不决的情况，” {3}(P.6）最终也会影响诉讼效率，损害了司法公正。
（三）司法行政部门对司法鉴定机构和鉴定人的登记管理问题
《决定》第3条规定：“国务院司法行政部门主管全国鉴定人和鉴定机构”。司法部根据《决定》第3条规定的“国务院司法行政部门主管全国鉴定人和鉴定机构的登记管理工作。省级人民政府司法行政部门依照本决定的规定，负责对鉴定人和鉴定机构的登记、名册编制和公告。”2005年9月30日公布了《司法鉴定人登记管理办法》和《司法鉴定机构登记管理办法》（司法部95号令）以及2007年8月7日重新颁布了《司法鉴定程序通则》。
