法院认为，司法鉴定是审判权中证据调查权的一个组成部分，法院因享有证据调查权必然拥有司法鉴定权，同时司法鉴定管理权是法院审判权的一个部分，如果司法鉴定管理职能从审判机关独立出去，由司法行政部门管理就等于瓜分审判权。其根据为刑事诉讼法158条规定的“人民法院调查核实证据，可以进行勘验、检查、扣押、鉴定和查询、冻结”以及人民法院的组织法第41条规定的“各级人民法院设法医”。于是，2001年最高人民法院颁布《人民法院司法鉴定工作暂行规定》。该规定第14条规定：“同一案件具有多个不同的鉴定结论的，应当委托上级法院司法鉴定机构做重新鉴定”。2002年4月最高人民法院又下发了《人民法院对外委托和组织司法鉴定管理办法》和《人民法院司法鉴定人名册制度实施办法》。人民法院对司法鉴定机构实现名册管理，对已经在司法行政机关批准设立的面向社会服务司法鉴定机构和人员要求“重新到最高人民法院进行注册登记”，由法院统一编制鉴定人名册，在《人民法院报》公布鉴定人名单，并对其进行年检注册。在司法鉴定管理体制上，形成了司法行政部门和人民法院同时对于社会鉴定机构和鉴定人进行登记管理的局面。
司法鉴定体制的改革尽管没有触及到“自侦自鉴”，“自检自鉴”和“自审自鉴”的体制问题，但是“面向社会服务”的司法鉴定机构的增设，特别是司法鉴定管理权之争，在一定程度上加剧了“多头鉴定”、“重复鉴定”，使司法鉴定秩序更加混乱。“从2001年5月起，全国人大内务司法委员会多次派出调研组赴一些省市对司法鉴定领域存在的问题进行深入研究。经征询最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部和司法部的意见，他们也希望通过全国人大常委会对司法鉴定的管理问题作出决定。”[13]自九届全国人大一次会议后的每次代表大会上关于尽快制定司法鉴定法的呼声愈发强烈。其中，2001年九届四次会议有8个代表团的266名代表；2002年九届五次会议有7个代表团的234名代表提出该项议案。代表们认为，司法鉴定中存在的弊端涉及到司法鉴定的管理问题，仅靠公检法机关之间的协调难以解决，只有通过国家立法才能从根本上改变局面。同时，人们对司法鉴定制度的本质、目标、方向等深层理论问题的认识也逐渐由模糊到清晰、由分歧到共识。但在司法鉴定改革涉及公检法的权力如何再分配问题未能形成一致的意见。在2002年12月23日全国人大常委会初次审议《关于司法鉴定管理问题的决定（草案）》后，将其《决定（草案）》印发各省（区、市）和中央有关部门征求意见时，因分歧较大，暂时被搁浅。全国人大法律委员会认为，《决定（草案）》还需要进一步的研究，并配合我国刑事诉讼法的修改进行。2003年2月24日，湖南省湘潭市女教师黄静死因问题的“五次尸检，六次死亡鉴定”的事件再次由实践促使立法加快步伐。有关司法鉴定的立法问题提案在2004年全国人大、政协第10次会议获得37名教授签名支持，并被列入1342号。2004年底，中共中央的21号文件转发了《司法体制和工作机制改革的初步意见》。该文件指出：
建立统一的司法鉴定管理体制。根据侦查工作需要，公安机关、国家安全机关、检察机构可以保留必要的司法鉴定机构，为侦查工作提供鉴定服务，但不得面向社会提供鉴定服务。人民法院、司法行政部门不再保留司法鉴定机构。面向社会服务的司法鉴定机构，实现行政管理和行业管理相结合的制度。研究制定司法鉴定法律，规范司法鉴定活动。
中共中央对司法鉴定制度改革的一系列指导性文件再次打破《决定（草案）》搁浅的坚冰。2004年12月25日《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定（草案）》被提请十届全国人大常委会第十三次会议进行二次审议。在审议中委员们认为，对我国司法鉴定管理体制进行立法改革已迫在眉睫，成为立法的重点。2005年2月6日全国人大法工委再次召开会议对草案的有关内容进行讨论；2月18日全国人民代表大会常务委员会委员长会议对草案进行了审议；2月28日十届全国人大常委会第十四次会议表决通过了《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定》。尽管《决定》规定的内容与预先的设想还存在一定的距离，其内容带有明显的妥协痕迹，有些条款之间还存在冲突，但在司法鉴定管理体制的法制建设层面上具有了里程碑性的意义。
