从司法院设立之初到1947年先后颁布《中华民国宪法》和修正《司法院组织法》，关于司法院的权限始终存在三大争议，其一是司法行政权的归属。1928年司法院成立时司法行政部属司法院，1932年它被划给行政院，1934年又回归司法院，直至1943年司法行政部最终归于行政院。其二是公务员惩戒委员会的归属。在《中华民国宪法草案》（“五五宪草”）的草拟过程中，有人认为应让监察院获得“完整的监察权”，也就是说除弹劾权之外，它还应拥有弹劾案的审判权，这就意味着需要将公务员惩戒委员会由司法院转给监察院{15}（P．48—55）。据此，1936年由立法院修正通过的“五五宪草”将公务员惩戒排除在司法院职权之外，而转由监察院管辖（第76条、87条）{14}（P．987—988）。其三是是否仿照美国最高法院一元的司法审判的模式，不再区分民刑普通审判与行政审判（公务员惩戒），司法院内不再设立最高法院、行政法院与公务员惩戒委员会。[15]
（二）1947年《中华民国宪法》、《司法院组织法》颁布之后的司法院
1947年颁布的《中华民国宪法》在司法机关方面的一大创新是设立了大法官，并由其负责解释宪法和统一解释法律命令，这样司法院就将其抽象规范的解释权（规范控制权）扩大到宪法解释领域。（宪法第78、第79条）同年12月修正公布的《司法院组织法》规定解释权由大法官会议行使，该会议由大法官组织之，司法院院长为会议主席（组织法第3条）。至于长期存在争议的公务员惩戒权仍然归于司法院。
关于司法院是否应掌理司法行政，上述宪法并未言明。1943年修正《国民政府组织法》以来，高等法院以下法院和各级检察部门的司法行政长期隶属于行政院下设的司法行政部管辖。由于宪法没有明文规定司法院掌理司法行政，司法行政部（附带还有各级检察部门）自1943年调整划归行政院便一去不复返。所以司法院虽是宪法上的“最高司法机关”，但其司法行政权却是不完整的，只及于其直接隶属的最高法院、行政法院和公务员惩戒委员会。[16]
1947年3月颁布的《司法院组织法》本来打算部分吸收英美一元的审判模式、力图革新，规定司法院内分庭，不再设立最高法院、行政法院和公务员惩戒委员会（组织法第4条）。可是该法一经颁布，立刻遭到代表既有体制利益的最高法院院长和全体法官的公开抵制{16}（P．713）。国民政府只好于当年12月修正组织法，仍然维持司法院内设立最高法院、行政法院和公务员惩戒委员会这三院（会）的旧制（组织法第5条）。
关于司法院的性质，萨孟武先生有一个精妙的归纳，他说：“因为国人善于应用归纳法，乃把许多性质不同而应独立的裁判机关均装入司法院之中”{17}（P．263），我们也可以说，司法院是一个筐，国民政府把所有的司法机关、准司法机关均装入这个筐之中，这才造就了一个五权宪法上的“最高司法机关”。但在这“包山包海”的司法院之内，司法行政权、最高审判权（包括普通民刑案件与行政诉讼）、规范控制权三者并未真正集于一体，它们是合中有分，彼此仍发挥一定的制衡功能{18}（P．393）。司法院隶属的大法官会议和三院（会）虽然“上戴司法院院长，受其监督”{17}（P．262），但就其职权来说，均属独立。
