皇帝虽然是国家的主人与政府的首脑，但皇帝与国家（政府）之间也有内在矛盾，因为皇帝的本性要求独裁，政府运转的逻辑要求体制化（理性化），这二者存在根本冲突。天子近臣在职权扩张的过程中渐次转化为体制化的国家大臣而非天子私人，“有为”的天子又不时地通过任用近臣（私人）以挑战体制这一风车。御史本是人主左右记事之官，被授以耳目之任，逐渐变成监察大臣之官，还部分侵夺了九卿之一廷尉的司法权。可是御史大夫逐渐体制化为“三公”之一，皇帝又开始信赖身边的尚书系统、以至“事归台阁”，司法审判权也成为尚书台的权力之一。唐代尚书台发展为六部，渐趋体制化。宋太宗时为防止刑部与大理寺舞弊，于宫中设立了审刑院，复审刑部、大理寺呈送的案件。审刑院审级相当于中央第二审，它侵夺了刑部的职权，使之成为闲散衙门，自己变成最高审判机关{1}（P．47—48）。但是皇帝也无法长期对抗渐趋复杂化、精密化的官僚系统，宋神宗时又废除了审刑院，将其职权并入刑部。元代仅设刑部及御史台两个法司，不设大理寺。明代以后虽然恢复了大理寺，但刑部权重，其审判权逐渐超过了都察院与大理寺。究其原因，乃是因为明初朱元璋废除丞相后由皇帝直接统领六部，刑部直属于天子，其权力自然会大大扩张{1}（P．52—53）。
在三法司体系的发展过程中，尚书系统以行政而兼司法，最终成为首要的司法机关。在这个过程中，监察系统（明以后御史台改称为都察院）逐渐失去了独立的审判权，大理寺这个三法司中资格最老的审判机关也蜕变成“慎刑”机关。
二、清末司法改革
“三法司”制度发展至清末，由刑部在三机关中起主导作用，它复审地方上诉案件、审理中央官吏违法案件、主持司法行政与修订律例工作；大理寺行使复核权，为慎刑机关，刑部审理不当，则由大理寺驳回重审；都察院掌监督，刑部与大理寺行使职权不当，则由都察院纠劾。遇有特别重大案件，则由“三法司”会同审理。[3]
在西潮的冲击下，1902年，清廷开始变法修律，而司法制度的改革，一直是其重点，也是废除领事裁判权的前提之一，因为旧式的审判制度，正是列强所特别反感者。1906年清廷改革官制，下诏：“刑部，着改为法部，专任司法；大理寺，着改为大理院，专掌审判。”{3}（P．468）但是司法改革并非一帆风顺，到了1907年，便发生了法部与大理院之间基于审批权和人事权归属的争议，史称“部院之争”{4}（P．234—241）{5}。1910年，清廷正式颁布《法院编制法》，并下谕：“自此颁布《法院编制法》后，所有司法之行政事务，着法部认真督理，审判事务，着大理院以下审判各衙门，各按国家法律审理，从前部院权限未清之处，即着遵照此次奏定各节，切实划分。”{6}（P．518）至此，最高审判权悉归于大理院，中央审判机关（大理院）与司法行政机关（法部）权限亦做严格区分。终清之世，司法改革（也包括整个法律改革）虽规模初具，但所拟定制度多未及施行，或虽施行却徒有其名。
三、北洋政府时期的中央司法机关
辛亥之后颁布的宪法性文件《中华民国临时约法》规定了审判公开与独立原则以及司法官地位的保障，并将诉讼制度设计为普通诉讼与行政诉讼分流的二元制度，但关于法院的编制则交由法律规定。1912年3月，在北京就任临时大总统的袁世凯下令在民国法律未经议定颁布以前，暂行援用前清法律（与民国国体抵触者除外）{7}（P．22—23）。1910年《法院编制法》亦被援用，[4]北洋政府在中央设立大理院，由其掌理民刑案件的最高审判权，并行使统一解释法令之权；司法行政则归于司法部。至于行政诉讼，则于1914年颁布《平政院编制令》，规定由平政院掌理行政诉讼，并察理[5]官吏纠弹案件{8}（P．409—412）
