第三次修改后删去了原第48条；原封不动保留了原第49条、50条、52条、53条、55条并且分别改变为新序号第49条、51条、55条、56条、57条、58条；修改后将原51条、54条有所增删改变后成为新序号第54条、57条；增加了新序号的第48条、50条、52条、53条。
我国《专利法》第三次修改中，对于专利实施强制许可之法律规范条文的增加、改变以及删除，主要的参照系是《与贸易有关的知识产权协议》（即TRIPs协议）及其衍生文件和《保护工业产权巴黎公约》等国际公约，主要目标是不与这些知识产权刚性国际规则相冲突，在此前提下积极打造我国专利实施强制许可的合理规范。
1.《专利法》第三次修改中删去的强制许可规范条文
原第48条是1992年《专利法》第一次修改时删去了1985年《专利法》中关于专利权人之“当地实施”义务的第51条和规定因专利“不实施”而给予强制许可的第52条后增加的因专利权人在合理条件下“拒绝许可”而授予强制许可的规定：“具备实施条件的单位以合理的条件请求发明或者实用新型专利权人许可实施其专利，而未能在合理长的时间内获得这种许可时”可以给予强制许可。实际上，一方面专利权人在合理条件下“拒绝许可”是几乎所有个体启动强制许可申请的共同前提条件，不必也不能单独列为强制许可的一种理由，另一方面这条条文也与原第51条“依照本法规定申请实施强制许可的单位或者个人，应当提出未能以合理条件与专利权人签订实施许可合同的证明”的规定内容在实质上有重复。这次修改中删去是合理的。
2.《专利法》第三次修改中部分调整的强制许可规范条文
（1）原51条修改后成为54条，从原条文“依照本法规定申请实施强制许可的单位或者个人，应当提出未能以合理条件与专利权人签订实施许可合同的证明”改变为新条文为“依照本法第四十八条第（一）项、第五十一条规定申请强制许可的单位或者个人应当提供证据，证明其以合理的条件请求专利权人许可其实施专利，但未能在合理的时间内获得许可”。这一修改表示，首先，不是所有的强制许可理由都要满足本条的规定的，只有新条文之四十八条第（一）项指向的“不实施”、“不充分实施”情况和第五十一条指向的“依存专利”及其交叉强制许可情况，才需要举证证明专利权人在合理条件下“拒绝许可”。
（2）原54条修改后成为57条，从原条文“取得实施强制许可的单位或者个人应当付给专利权人合理的使用费，其数额由双方协商；双方不能达成协议的，由国务院专利行政部门裁决”改变为“取得实施强制许可的单位或者个人应当付给专利权人合理的使用费，或者依照中华人民共和国参加的有关国际条约的规定处理使用费问题。付给使用费的，其数额由双方协商；双方不能达成协议的，由国务院专利行政部门裁决。”此中增加了“或者依照中华人民共和国参加的有关国际条约的规定处理使用费问题”。例如根据《关于实施TRIPs协议与公共健康的多哈宣言第6段的决议》等国际公约的规定，当我国生产某专利药品能力缺位或者不足时，被授予强制许可进口WTO 成员为我国生产的该专利药品的被许可人，在该专利药品的生产者已向该专利权人支付报酬的，可以不向专利权人支付报酬。所以这次修改中增加了“或者依照中华人民共和国参加的有关国际条约的规定处理使用费问题”这一实际上的例外情况。
