检察机关的监督也要强调外部力量的监督，尤其是自侦案件的批捕和审查起诉问题。当前只是规定自侦案件的批捕权上提一级，却没有关于审查起诉的规定，对此，应该加大自侦案件的外部制约力量。在这方面，人民监督员制度是一个很好的发展方向，但是要进一步推进，落到实处，要向着社会监督、群众监督的方向发展，让普通公民参与进来，以提升检察监督的公信力。长远来看，针对我国当前处于社会转型、利益多元化时期官员腐败现象突出的情况，为了有效打击腐败，提升党和政府的威信，同时因避免权力关于集中而引发的权力滥用，应该成立专门的反腐败侦查机关，即反腐败侦查局来侦查检察机关目前负责的自侦类案件。反腐败侦查机关可以在纪委、监察和检察院反贪部门的基础上组建，以监视居住或取保候审来替代实践中的“双规”措施，以提高反腐败侦查的法治化水平，侦查终结的案件由检察机关负责批捕和起诉，以形成权力的制约。
最后，逐步推进侦查权的改革。历史的经验已经反复证明，绝大多数冤假错案在侦查环节上已经形成，不公正的侦查制度是错案形成的重要根源。较为稳妥的改革路线图应当是在综合考量秩序、安全与自由、权利的基础上，以平衡两种价值需求的基础上逐步、稳妥地设计、推进相应的改革措施。一方面主要着眼于如何对侦查权进行控制以实现公正，遏制非法取证行为，实现讯问时全程录音录像，犯罪嫌疑人接受讯问时有权要求律师在场等，毕竟刑讯逼供等各种酷刑行为被公认为侦查环节上影响公正的最为突出的问题。另一方面则通过探讨秘密侦查合法化、侦查现代化等重大问题，研究如何在对侦查权进行控制的同时实现侦查效能的提升。
关于未决羁押场所的管理归属问题，长远看来，交由司法行政部门管理更有利于管理的中立性，能够更好的保护在押人员的权利。但是，当前公安部门已经从管理体制和工作机制方面强化了监管队伍的建设，加大了未决羁押人员权利保障力度，提高了他们的日常待遇，并以开放的姿态接受社会的监督，这些努力应该予以肯定；考虑到我国当前正处于社会转型，矛盾多发，犯罪率较高等现实情况，从维护社会安全与稳定的角度来看，未决羁押制度改革应该稳步推进，近期内仍可以由公安部门代管。
第三，改革司法的管理体制和工作机制。
首先，审理权与裁判权合一。在我国目前的司法管理体制下，法官的审理权和裁判权经常是分离的，特别是在重大、疑难、复杂的案件中，案件最终的裁判权在审委会，甚至在当地的政法委。最近法院系统出台的审判管理机制，更是强化了司法管理的行政化色彩，进一步加剧了审者不判、判者不审的现象。要改革现有的司法管理体制，必须从案件的审理权与裁判权由审判者统一行使着手，废除现有的司法审批机制，让有经验的已经成为庭长、副院长、院长的审判员重新回归审判岗位，发挥其审判所长，提升审判的质量。担任庭长、副院长、院长的审判员与一般审判员的差别仅限于其审判经验的积累，而不是行政化的审批权力。审理权与裁判权的统一意味着基于行政职务而产生的行政审批权力不复存在，审委会所拥有的对重大、疑难、复杂的案件的裁判权也不再存在，而是由更多人数组成的合议庭行使。
