第二，进一步优化司法职权配置。
首先，尊重司法规律，规范司法程序，建立控审分离、控辩平等对抗的司法运行模式。按照通行的司法权理论，司法权具有这样一些特征：被动性、中立性、公开性、独立性、终局性、权威性等。
其次，继续推进人民法院改革，优化法院审判职权配置。要明确上级法院和下级法院之间是审级监督关系而非行政领导关系，决不能因为实行司法系统内部的垂直管理而加重司法行政化倾向，各级法院内部党委的领导以及上级法院党委对下级法院党委的领导应当是政治领导而不是业务领导，优化不同层级法院的职权配置，充分发挥基层和中级法院就地解决纠纷的作用，强化最高法院和高级法院的审判监督和指导职能。
为了实现刑事诉讼打击犯罪与保障人权的双重目的，贯彻控辩平等的基本要求，应该将批准逮捕权交由法院行使。批捕是具有裁判性质的权力，批捕权与检察机关所承担的控诉职能存在内在的矛盾和冲突，检察机关的追诉倾向使其不能保持超然态度，很容易漠视或纵容诉讼中出现刑讯逼供等违法行为，打破控辩平衡，使程序正当性缺失。由诉讼中控辩双方之外中立的第三方即法院行使批捕权，有利于体现控辩平衡的刑事诉讼机理，保证批捕的客观性和公正性。
针对实践中有人担心将批捕权交由法院行使可能导致法院或法官出于利益考虑，会尽可能地对已经批捕的案件作有罪判决从而不利于对错捕案件纠正的情况，可以设置治安法官，其专司剥夺或限制人身权利的审查，独立于负责审判的法官。由治安法官负责批捕，还可以解决我国司法实践中广为诟病的不经中立机关审查即剥夺或限制行政违法行为人的劳动教养制度。针对有人担心在现行司法管理体制下，批捕权交由法官行使的效果与交由检察官行使的效果区别不大，这一点可以从司法管理体制和工作机制方面进行改革，详见下文分析。
再次，优化检察权的配置，分离诉讼职能和监督职能。如何协调并化解检察机关的诉讼职能和诉讼监督职能之间的冲突，不仅关乎检察权的优化配置和检察机关未来发展的大方向，更事关司法体制改革的成败，是一个极为重要也不能回避的问题。在刑事诉讼中，检察官所承担的主要职能是控诉职能。公安机关所享有的侦查权以及检察机关所享有的自侦权都是由控诉职能派生而出的，因为控诉的前提是要查清案件事实、收集案件证据，这既是追诉犯罪的前提，也是追诉犯罪的基础。因此，从这个意义上来看，检察机关对侦查活动的监督实质上就是为了更好的完成其诉讼职能的要求。监督的特点首先在于监督应当具有中立性，亦即监督者不能是利益相关者，只有这样的监督才是公正的。检察权的改革，应该朝着诉讼职能与监督职能相分离的方向发展。目前而言，检察权的完善应该从加大审前程序特别是侦查程序的监督着手，许多冤假错案都是因为侦查阶段的问题而造成；同时要弱化直至取消对审判活动的监督，毕竟检察机关可以抗诉权的形式制约审判权，这既是控辩平等的要求，也是审判中立的必然之路。
