第二，作为司法体制改革真正主体的公民缺少有效参与。
作为司法体制改革真正主体的普通公民，在司法改革过程中缺少有效参与，导致司法机关对公民的司法诉求与利益吸收不够，造成普通公民既不能根据自己的实际需要和切身利益提出其所关切的实际问题，又不能参与到司法改革的具体讨论与设计过程中。当前，我国司法改革过程中一个严重的问题是，具体司法改革举措的提出、论证与决策过程，决策者很少真正去了解、去聆听普通公民的呼声，这就造成了现实中的法律信仰的普遍缺失，在一定程度上加剧了司法公信的危机，导致公民对司法改革的漠视，影响司法权威的确立。
虽然我国在前一阶段的司法改革过程中已经有人民陪审员和人民监督员等公民参与司法的形式，但是当前的司法改革基本上是权力本位的，以权力运作为主旋律，改革的出发点往往在于便利国家权力的行使，这就造成陪而不审、监而不督，走形式、装门面等现象十分突出。在很大程度上，前一阶段的司法改革举措仍然建立在“限权”、“权力制约权力”等认识层面之上，缺少“授权”、“权利制约权力”等民本意识。我国现有的以提高司法公信和维护司法权威为目标的诸多司法改革举措大多建立在司法的民主性基础上，司法改革的在司法民本性上着力不够，司法改革的部门化、神秘化和精英化，使得司法改革与普通公民的距离越来越远，以至于我国司法的公信和司法的权威仍然停留在较低水平。现代社会，司法应当最大限度地满足公民解决纠纷的需求，应以公民更好地接近正义为目标，然而，多年的改革似乎在司法形象的亲和性、司法服务的可接近性等方面并没有取得实质性的突破。
第三，司法职权配置仍未摆脱行政化、地方化和部门化的窠臼。
首先，法院内部的权力配置不科学而导致司法行政化。上下级法院关系、法院内部决策过程、法官之间的行政化色彩浓厚。其次，法院与地方权力机关的关系不合理而导致司法地方化。由于权力配置的技术性原因，司法实际上依附于行政，造成了法院受制于行政。虽然司法机关的人事任免归各级人大，但是法官的职级待遇、职务升迁、政治命脉都掌握在地方政府或党委，故在审判、执行中不得不考虑地方领导的态度。一些地方的党委在事关本地区局部利益问题上，往往以党委指示来干预法院依法办案，政法委员会往往成了司法机关联合办公的机关。再次，法院与其他权力机关部门利益的冲突而导致司法部门化。以往的改革方案大多是由公、检、法等职能部门自身设计和实施，不可避免地带有部门利益的特征，具有本部门的扩权倾向，而由此产生的矛盾和争议也多是各部门之间权力和利益的冲突。在司法改革过程中，已出现各司法机关因特定的利益、立场衍生出扩张自身权力范围的“屁股指挥脑袋”倾向。多年的司法改革实践表明，司法机关已经将自身的部门利益渗透在了司法改革的进程之中，对于一些改革草案常常从自己利益的角度来理解与展开：在有利于自己的利益时，往往极具改革热情，而在有损自身利益时，则更多是浅尝辄止，甚至使改革方案直接流产。
