笔者之所以坚持主张上述第二派观点，即刑事诉讼中的人民法院、人民检察院是司法机关而公安机关是行政机关，是基于以下几点理由：第一，是根据上述我国宪法所规定的政治体制特色和中共中央一系列重要文件对人民法院、人民检察院和公安机关的性质的明确表述。第二是认为作为司法机关应当具有独立性、中立性、裁判性、权威性等基本属性。我国的人民法院明显具有以上基本属性，是典型的司法机关。检察机关作为宪法规定的国家专门法律监督机关，在刑事诉讼中首先具备依法独立行使职权的属性。其次，检察机关在法庭上代表控方，但在审查批捕、审查起诉中对于侦查部门与犯罪嫌疑人两方而言是持客观、中立态度的。再次，检察院对案件的处理决定虽不具备终局裁判的属性，但由于其对刑事诉讼全过程实行法律监督，具有与法院同等的权威性。可见，检察机关在我国可以与法院一样视为司法机关。刑事诉讼中的公安机关的情况却有所不同。它实施侦查和其他诉讼行为受行政机关首长的直接领导，不具有独立性；其担负的追诉犯罪的职责也使其无法保持中立。虽然公安机关在刑事诉讼中的作用很重要，但主要是为后面的起诉、审判做准备，不可能具有权威性。第三，从刑事诉讼各个阶段来说，不仅起诉与审判活动具有司法性，同时侦查也具有司法性，这里的司法性是从其属于诉讼活动范畴的意义上来说的。但是不能因此认为在刑事诉讼中行使侦查权的主体就是司法机关。如上所述，在刑事诉讼中有权进行侦查的国家机关是多元的，不仅有公安机关、检察机关，还有国家安全机关、军队保卫部门、海关缉私部门、监狱中的侦查组织等。如果行使侦查权的机关都是司法机关，那么以上这些部门都成为司法机关了，这未免使司法机关过于多元化，并必然使司法机关丧失高位性、权威性，从而损害法治精神。第四，要正确理解《宪法》第135条关于“人民法院、人民检察院和公安机关办理刑事案件，应当分工负责，互相配合，互相制约”规定的精神。这个规定固然在一定意义上体现了三机关在刑事诉讼中的同等地位，但是这个条文应该与宪法中有关法院、检察院以及公安机关在国家机构中的地位、职责的规定结合起来才能准确把握。还要看到，在现代法治国家，无论是西方国家还是中国，其刑事诉讼结构都是或者都应该是以审判为中心的，只有在非法治国家，才搞侦查中心主义，侦查的结果决定审判的结果。在我国，侦查固然重要，但法院在刑事诉讼中扮演着决定诉讼终局的角色；检察院在审判中起到支持公诉和审判监督的重要作用。我国尽管存在一定的侦查中心主义的现象，但我们必须要改变这种现象，从侦查中心主义走向审判中心主义。这次《修正案（草案）》的某些内容（如提高证人、鉴定人出庭率、一定情况下要求警察出庭等）也进一步强化了审判中心主义的构造。因而，我国刑事诉讼中的主要国家专门机关可以客观列为人民法院、人民检察院、公安机关或者简称为公安、司法机关，但不能概括成为司法机关。第五，为了保证公安机关完成其维护国家安全和社会治安秩序、保护公民的合法权益的重要任务，我们党和政府采取了一系列强警措施，如加强公安队伍力量、后勤装备、技术手段等，这是完全有必要的；对公安机关领导人的职务进行高配[17]也是可以理解的。但是，强警不应当改变公安机关在国家机构体制中的固有定位，不能把公安机关升格为司法机关，否则就破坏了我国宪法所规定的国家机构的有机统一体制，也有违社会主义法治理念。
