2.立案环节的问题
立案是案件正式进入刑事诉讼的标志，同时也是案件质量的基础。目前渎职侵权案件立案环节存在的问题主要包括：一是立案时机把握不准。有的案件没有按照“初查放开、放长”的要求，在取得“需要追究刑事责任”的证据后坚决、果断立案，而是急于求成，在时机尚未成熟时贸然立案；有的案件立案时机已经成熟，仍然犹豫等待，不敢果断决策使案件及时进入立案程序，致使一些必要的侦查措施无法使用，坐失依靠侦查措施获取案件证据的良机。二是立案标准的把握存在偏差。有的一强调案件质量，就片面地将立案标准等同于判刑标准，以立案取代侦查，忽视了案件侦查工作的重要性，也人为地拔高了立案标准；有的片面强调案件数量，致使立案标准过宽，立案随意性较大，出现凑数案、擦边案，最终出现案件质量问题。
3.侦查环节的问题
侦查环节的问题主要表现为侦查意识不强，获证、固证存在瑕疵。首先是侦查的主动进攻意识欠缺。长期以来许多检察人员片面理解渎职侵权案件主要是过失犯罪，一般的调查方法即可获取证据，忽略所管辖的案件近80％为故意犯罪的情况，主动进攻型侦查能力明显弱于反贪污贿赂部门；有的办案人员重初查、轻侦查，认为一立案即大功告成，或在侦查过程中重口供、轻其他证据，收集证据不全面，关键证据不深入等。其次是未能充分发挥强制措施在侦查工作中的积极作用，由于检察人员存在怕错、怕赔的思想顾虑，在侦查中不敢大胆、果断、灵活地采用强制措施，为查办案件服务，而是片面理解宽严相济刑事司法政策，失之过软、失之过宽，没有发挥采用强制措施在获取证据中的强大威力。
4.侦结处理环节的问题
侦结处理环节的问题表现为结案草率，案件没有查深、查透、穷尽一切可能，甚至证据之间的相互矛盾没有得到合理排除，即匆匆结案移送审查起诉，最终导致被退补、不起诉或撤案；另外还存在侦查办案周期过长、办案效率过低的问题。
（二）产生问题的原因
1.反渎职侵权侦查人员的队伍建设与新时期查办渎职侵权犯罪案件的需要还存在一定差距。主要表现为：一是一些反渎职侵权侦查人员综合知识面较窄，案件深入侦查能力较差。反渎职侵权部门查办的是国家机关工作人员的职务犯罪，主要集中在司法和行政执法人员实施的渎职侵权犯罪，而查司法人员时，对方反侦查能力强；查行政执法人员时，是外行查内行。因此，查办渎职侵权案件对办案人员的业务素质要求相当高，办案人员除了具备足够的法律知识外，还要懂得工商、税务、土地管理、质监、环保、林管等多领域、多学科的各种专业知识，善于发现国家机关工作人员在履职过程中的渎职环节。而目前，反渎职侵权侦查人员的综合素质参差不齐，特别是在查办新领域渎职犯罪过程中往往是“临时抱佛脚”、“书到用时方恨少”，这在客现上难免影响了案件的侦查进程，造成这样那样的质量问题。二是侦查意识和侦查能力不能适应反渎职侵权工作的需要，主要体现在侦查主动性不够、进攻性不强，尤其是对渎职侵权犯罪案件的侦查规律性研究不深，综合运用侦查谋略、侦查手段、侦查技术的实战经验不足。
